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万見
- PDB-7xx4: designed glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xx4
タイトルdesigned glycosyltransferase
要素Oleandomycin glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase, MGT-like / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Oleandomycin glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Lu, M. / Wu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973214 中国
引用ジャーナル: Microb Biotechnol / 年: 2023
タイトル: Design of a chimeric glycosyltransferase OleD for the site-specific O-monoglycosylation of 3-hydroxypyridine in nosiheptide.
著者: Zhao, L. / Xu, Y. / Chen, M. / Wu, L. / Li, M. / Lu, Y. / Lu, M. / Chen, Y. / Wu, X.
履歴
登録2022年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oleandomycin glycosyltransferase
B: Oleandomycin glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6924
ポリマ－89,5592
非ポリマー1,1332
水34219
1
A: Oleandomycin glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3462
ポリマ－44,7801
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
2
B: Oleandomycin glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3462
ポリマ－44,7801
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.716, 92.285, 191.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 219 or resid 221...
21(chain B and (resid 7 through 219 or resid 221 through 399))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and (resid 7 through 219 or resid 221...AA7 - 21913 - 225
12GLUGLUTRPTRP(chain A and (resid 7 through 219 or resid 221...AA221 - 224227 - 230
13GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 7 through 219 or resid 221...AA225231
14THRTHRALAALA(chain A and (resid 7 through 219 or resid 221...AA5 - 39911 - 405
21ALAALAALAALA(chain B and (resid 7 through 219 or resid 221 through 399))BB7 - 21913 - 225
22GLUGLUALAALA(chain B and (resid 7 through 219 or resid 221 through 399))BB221 - 399227 - 405

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要素

#1: タンパク質 Oleandomycin glycosyltransferase


分子量: 44779.590 Da / 分子数: 2
変異: G65K,D67S,A68N,D69P,P70E,A72S,G74P,S75E,T76D,L77Q,L78E,D79S,N80A,V81M,E82G,P83L,D282P,D288A,A294D,R297T,Q298K,D300S,L301A,V303I,A308M,G310S,S311T,Q312M,G314A,A316S,T317N,T319V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
遺伝子: oleD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3HTL6
#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: PEG 200, PEG 8000, Bis-Tris pronpane / PH範囲: 9.0-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→30.954 Å / Num. obs: 294658 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 6.36 % / Biso Wilson estimate: 68.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08626 / Rpim(I) all: 0.03776 / Rrim(I) all: 0.09437 / Net I/σ(I): 11.36
反射 シェル解像度: 2.43→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.744 / CC star: 0.924 / Rpim(I) all: 0.4373 / % possible all: 99.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IYA

2iya


解像度: 2.43→30.37 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 27.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 1185 -
Rwork-82446 -
obs-44607 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.1 Å2 / Biso min: 47.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→30.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6075 0 72 19 6166
Biso mean--78.04 66.51 -
残基数----788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0498626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.883764
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3644X-RAY DIFFRACTION7.349TORSIONAL
12B3644X-RAY DIFFRACTION7.349TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.43-2.54060.35261470.328110345100
2.5406-2.67440.33571470.29481035399
2.6744-2.84190.30831460.26611042599
2.8419-3.06110.29041470.24721034599
3.0611-3.36890.28181500.23641027999
3.3689-3.85550.22521520.20031028598
3.8555-4.85460.19891460.16621018498
4.8546-5.00030.1851500.17131023098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.5311 Å / Origin y: -45.4786 Å / Origin z: 26.3062 Å
111213212223313233
T0.5721 Å2-0.0409 Å2-0.0414 Å2-0.6676 Å20.0107 Å2--0.5841 Å2
L0.0617 °20.0094 °2-0.2529 °2-0.9213 °2-0.5048 °2--0.3874 °2
S-0.0091 Å °-0.0481 Å °0.0018 Å °-0.185 Å °0.0032 Å °0.0709 Å °0.0874 Å °-0.009 Å °0.0217 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1allB7 - 399
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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