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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xx3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human Superoxide Dismutase (SOD1) in complex with a fungal metabolite molecule, Phialomustin B (PB) | |||||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase / protein aggregation / modulator / toxic trimer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / muscle cell cellular homeostasis / heart contraction / superoxide metabolic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / small GTPase binding / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / Platelet degranulation / peroxisome / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / intracellular iron ion homeostasis / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Unni, S. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Phialomustin-B a fungal metabolite isolated from Phialophora mustea modulates Superoxide Dismutase 1 (SOD1) aggregation: Therapeutic potential in Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) 著者: Unni, S. / Padmanabhan, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xx3.cif.gz | 320.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xx3.ent.gz | 255.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xx3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xx3_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xx3_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xx3_validation.xml.gz | 68.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xx3_validation.cif.gz | 97.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xx3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ytoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 10分子 ABDCHEFGIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 19092.219 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase |
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-非ポリマー , 5種, 1227分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-I2G / ( #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.3 M Sodium citrate (pH = 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 195483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 1880644 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YTO 解像度: 1.9→38.69 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.16 Å2 / Biso mean: 33.4739 Å2 / Biso min: 13.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→38.69 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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