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- PDB-7xx3: Crystal structure of human Superoxide Dismutase (SOD1) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xx3
タイトルCrystal structure of human Superoxide Dismutase (SOD1) in complex with a fungal metabolite molecule, Phialomustin B (PB)
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase / protein aggregation / modulator / toxic trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to ATP / superoxide dismutase activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / cellular response to cadmium ion / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / placenta development / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I2G / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Unni, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Indian Council of Medical ResearchIndian Council of Medical Research (ICMR), インド
Department of Science & Technology (DST, India)DST-FIST: SR/FST/LS-I/2017(C) インド
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the modulation Of SOD1 aggregation By a fungal metabolite Phialomustin-B: Therapeutic potential in ALS.
著者: Unni, S. / Kommu, P. / Aouti, S. / Nalli, Y. / Bharath, M.M.S. / Ali, A. / Padmanabhan, B.
履歴
登録2022年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,83529
ポリマ－190,92210
非ポリマー1,91219
水21,7621208
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8809
ポリマ－38,1842
非ポリマー6957
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
2
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8007
ポリマ－38,1842
非ポリマー6155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
3
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3935
ポリマ－38,1842
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
4
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3154
ポリマ－38,1842
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4464
ポリマ－38,1842
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.445, 242.445, 144.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABDCHEFGIJ

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 19092.219 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 5種, 1227分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-I2G / (2~{E},4~{E},6~{S})-4,6-dimethyldeca-2,4-dienoic acid


分子量: 196.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.3 M Sodium citrate (pH = 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 195483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 1880644
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.938.21.6496520.7190.5921.7470.575100
1.93-1.978.21.36796720.820.4931.4550.586100
1.97-2.018.21.05396760.8580.381.1210.585100
2.01-2.058.20.87396580.8940.3150.930.612100
2.05-2.098.20.69296760.9230.250.7360.628100
2.09-2.148.20.58496780.9410.2110.6220.638100
2.14-2.198.20.50497230.9530.1820.5370.639100
2.19-2.258.20.43596580.9610.1570.4630.655100
2.25-2.328.20.36397320.9740.1310.3870.662100
2.32-2.398.30.29396900.9820.1060.3120.688100
2.39-2.488.40.27497260.9820.0990.2920.69399.9
2.48-2.588.60.2397190.9880.0820.2440.711100
2.58-2.78.90.1997570.990.0670.2020.738100
2.7-2.849.40.15497790.9940.0520.1630.834100
2.84-3.0210.20.12897740.9960.0410.1351.034100
3.02-3.2511.40.11498190.9960.0350.1191.528100
3.25-3.5812.70.10898450.9960.0310.1122.211100
3.58-4.0913.50.08598890.9980.0240.0882.285100
4.09-5.1613.60.05199940.9990.0150.0531.331100
5.16-50130.041103660.9990.0120.0431.17599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YTO

5yto


解像度: 1.9→38.69 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 9830 5.04 %
Rwork0.1985 185035 -
obs0.2001 194865 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.16 Å2 / Biso mean: 33.4739 Å2 / Biso min: 13.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10906 0 99 1216 12221
Biso mean--49 42.68 -
残基数----1506
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.920.36763270.3255935626297
1.92-1.940.3583450.31286065641099
1.94-1.960.31053200.27956080640099
1.96-1.990.29833300.26726097642799
1.99-2.010.26663030.24156102640599
2.01-2.040.27293310.230860936424100
2.04-2.070.23513250.220460956420100
2.07-2.10.25352970.225261326429100
2.1-2.130.2443320.220361326464100
2.13-2.170.27293060.220661606466100
2.17-2.210.25463320.226361126444100
2.21-2.250.26393170.229761336450100
2.25-2.290.25043160.224461566472100
2.29-2.340.24233530.223460686421100
2.34-2.390.26393330.220561366469100
2.39-2.440.30043230.227961626485100
2.44-2.50.27263280.229861246452100
2.5-2.570.25963380.222461506488100
2.57-2.650.25833380.222761306468100
2.65-2.730.24973290.217362066535100
2.73-2.830.25353360.221461676503100
2.83-2.940.26633220.21362276549100
2.94-3.080.24552960.202961976493100
3.08-3.240.20553240.187462286552100
3.24-3.440.21543150.18562376552100
3.44-3.710.22253530.172461896542100
3.71-4.080.20223310.156862516582100
4.08-4.670.16923240.15076290661499
4.67-5.880.17893410.160563616702100
5.88-38.690.20843650.196266206985100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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