PDB-7xwz: Crystal structure of SARS-CoV-2 N-NTD and dsRNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xwz

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 N-NTD and dsRNA complex

要素

Nucleoprotein
RNA (5'-R(*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3')
RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3')

キーワード

VIRAL PROTEIN/DNA / structural protein / drug target / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Luan, X.D. / Li, X.M. / Li, Y.F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2022
タイトル: Antiviral drug design based on structural insights into the N-terminal domain and C-terminal domain of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein.
著者: Luan, X. / Li, X. / Li, Y. / Su, G. / Yin, W. / Jiang, Y. / Xu, N. / Wang, F. / Cheng, W. / Jin, Y. / Zhang, L. / Xu, H.E. / Xue, Y. / Zhang, S.

履歴

登録	2022年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xwz.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xwz.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xwz_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xwz_full_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示
XML形式データ	7xwz_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7xwz_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xwxC 7xx1C 2ofzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3')

D: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3')

E: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3')

F: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3')

ヘテロ分子

36.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

C: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3')

D: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
18.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

E: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3')

F: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.848, 39.119, 84.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.605, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 13786.404 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: RNA鎖	RNA (5'-R(CPAPCPUPGPAPC)-3') 分子量: 2180.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(PGPUPCPAPGPUPG)-3') 分子量: 2237.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 90分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Malonic Acid, Imidazole, Boric Acid, PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18057 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18057 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→47.977 Å / Num. obs: 16782 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.432 / Num. unique obs: 1511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OFZ

2ofz

解像度: 2.25→47.977 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.816 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	814	4.853 %
R_work	0.2264	15959	-
all	0.228	-	-
obs	-	16773	99.567 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.884 Å²	0 Å²	-0.434 Å²
2-	-	-2.337 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1815	590	18	86	2509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.697	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.01	1.596	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.632	7.016	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.569	21.782	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.965	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.179	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.212	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_paralell_plane_angle_deg	3.194	0.6	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.665	4.146	935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.665	4.144	934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.832	6.196	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.831	6.197	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.731	5.302	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.731	5.302	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.833	7.887	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.833	7.887	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.525	159.882	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.524	159.952	6058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.291	61	0.264	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.4382
2.308-2.372	0.286	63	0.275	1104	X-RAY DIFFRACTION	99.8289
2.372-2.44	0.324	63	0.278	1122	X-RAY DIFFRACTION	99.4128
2.44-2.515	0.288	51	0.271	1043	X-RAY DIFFRACTION	99.6357
2.515-2.598	0.264	54	0.264	1074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.598-2.689	0.269	61	0.241	992	X-RAY DIFFRACTION	99.4334
2.689-2.79	0.425	38	0.231	999	X-RAY DIFFRACTION	99.5201
2.79-2.904	0.253	39	0.229	943	X-RAY DIFFRACTION	99.7967
2.904-3.033	0.304	39	0.223	904	X-RAY DIFFRACTION	99.4726
3.033-3.181	0.225	43	0.229	876	X-RAY DIFFRACTION	99.8913
3.181-3.353	0.31	41	0.235	820	X-RAY DIFFRACTION	99.7682
3.353-3.556	0.264	35	0.238	788	X-RAY DIFFRACTION	99.5163
3.556-3.801	0.299	43	0.219	723	X-RAY DIFFRACTION	99.3515
3.801-4.105	0.298	42	0.212	676	X-RAY DIFFRACTION	99.7222
4.105-4.495	0.229	38	0.197	637	X-RAY DIFFRACTION	99.5575
4.495-5.024	0.212	29	0.184	581	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
5.024-5.798	0.215	21	0.192	512	X-RAY DIFFRACTION	99.0706
5.798-7.092	0.258	22	0.241	435	X-RAY DIFFRACTION	99.3478
7.092-9.994	0.309	17	0.218	350	X-RAY DIFFRACTION	99.1892
9.994-47.977	0.222	14	0.27	202	X-RAY DIFFRACTION	97.7376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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