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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwv | ||||||
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タイトル | Feruloyl-CoA hydratase/lyase complexed with Vanillin and Coenzyme A | ||||||
![]() | Feruloyl-CoA hydratase/lyase | ||||||
![]() | LYASE / Feruloyl-CoA hydratase/lyase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seok, J. / Kim, K.-J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Production of various phenolic aldehyde compounds using the 4CL-FCHL biosynthesis platform. 著者: Seok, J. / Seo, H. / Hong, J. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xwcC ![]() 7xwtC ![]() 2j5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33613.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ferB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 166分子 ![](data/chem/img/V55.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 % / Mosaicity: 0.812 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium phosphate dibasic, Imidazole/Hydrochloric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 71335 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 4.684 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 458140 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2j5i 解像度: 1.81→30.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 3.071 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.18 Å2 / Biso mean: 22.511 Å2 / Biso min: 10.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→30.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.815→1.862 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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