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万見
- PDB-7xwq: Human Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xwq
タイトルHuman Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex with (R)-2-(2-chloro-4-hydroxyphenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile
要素
  • Estrogen receptor beta
  • SRC peptide
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Inhibitor / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I1M / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Furuya, N. / Handa, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Evaluating the correlation of binding affinities between isothermal titration calorimetry and fragment molecular orbital method of estrogen receptor beta with diarylpropionitrile (DPN) or DPN derivatives.
著者: Handa, C. / Yamazaki, Y. / Yonekubo, S. / Furuya, N. / Momose, T. / Ozawa, T. / Furuishi, T. / Fukuzawa, K. / Yonemochi, E.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.journal_volume / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: SRC peptide
D: SRC peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7266
ポリマ－58,1784
非ポリマー5472
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.002, 88.944, 101.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27702.578 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: C334S,C369S,C481S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド SRC peptide


分子量: 1386.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-I1M / (2~{R})-2-(2-chloranyl-4-oxidanyl-phenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile


分子量: 273.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12ClNO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-20% PEG3350, 100 mM BisTris pH6.5, 200 mM Magnesium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→46.24 Å / Num. obs: 35187 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / Num. unique obs: 819 / CC1/2: 0.558

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2giu

2giu


解像度: 1.89→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 1756 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1991 33371 91.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.58 Å2 / Biso mean: 22.567 Å2 / Biso min: 11.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3540 0 38 96 3674
Biso mean--21 24.11 -
残基数----465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.6164919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3061.5698096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3775457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.99723.582134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48415668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1612.2981850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1592.2971849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0663.422301
LS精密化 シェル解像度: 1.891→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 50 -
Rwork0.284 966 -
all-1016 -
obs--36.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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