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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwn | ||||||
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タイトル | structure of patulin-detoxifying enzyme Y155F/V187K with NADPH and substrate | ||||||
![]() | Short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | alcohol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Chem-I8L / Chem-NDP / Short-chain dehydrogenase/reductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, L. / Li, H. / Hu, Y. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based rational design of a short-chain dehydrogenase/reductase for improving activity toward mycotoxin patulin. 著者: Dai, L. / Li, H. / Huang, J.W. / Hu, Y. / He, M. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27387.127 Da / 分子数: 4 / 変異: Y155F, V187F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-I8L / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22-23% PEG Smear Broad, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→35.43 Å / Num. obs: 53524 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.99 % / Rmerge(I) obs: 0.1711 / Net I/σ(I): 5.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.4502 / Num. unique obs: 2198 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7XWI 解像度: 2.1→35.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / WRfactor Rfree: 0.277 / WRfactor Rwork: 0.1994 / FOM work R set: 0.7565 / SU B: 8.265 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.2734 / SU Rfree: 0.2297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.01 Å2 / Biso mean: 23.873 Å2 / Biso min: 5.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→35.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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