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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwm | ||||||
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タイトル | structure of patulin-detoxifying enzyme Y155F/V187K with NADPH | ||||||
![]() | Short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenases/reductase | ||||||
機能・相同性 | : / alcohol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Chem-NDP / Short-chain dehydrogenase/reductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, L. / Li, H. / Hu, Y. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based rational design of a short-chain dehydrogenase/reductase for improving activity toward mycotoxin patulin. 著者: Dai, L. / Li, H. / Huang, J.W. / Hu, Y. / He, M. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28084.830 Da / 分子数: 4 / 変異: Y155F, V187F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22-23%PEG Smear Broad, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→36.17 Å / Num. obs: 65000 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.62 % / Rmerge(I) obs: 0.1456 / Net I/σ(I): 7.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.4224 / Num. unique obs: 2828 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7XWH 解像度: 1.98→36.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 5.852 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.91 Å2 / Biso mean: 20.658 Å2 / Biso min: 4.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→36.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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