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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwh | ||||||
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タイトル | structure of patulin-detoxifying enzyme with NADP+ | ||||||
要素 | Short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenases/reductase | ||||||
機能・相同性 | alcohol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Meyerozyma guilliermondii (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, L. / Li, H. / Hu, Y. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Structure-based rational design of a short-chain dehydrogenase/reductase for improving activity toward mycotoxin patulin. 著者: Dai, L. / Li, H. / Huang, J.W. / Hu, Y. / He, M. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xwh.cif.gz | 199.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xwh.ent.gz | 157.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xwh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xwh_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xwh_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xwh_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xwh_validation.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28070.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Meyerozyma guilliermondii (菌類) / 遺伝子: SDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A888VSF1, alcohol dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG Smear Broad, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→35.6 Å / Num. obs: 41102 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.84 % / Rmerge(I) obs: 0.0114 / Net I/σ(I): 5.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique obs: 2024 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.31→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.716 / SU ML: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 0.4398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.19 Å2 / Biso mean: 25.413 Å2 / Biso min: 6.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.31→35.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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