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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xvh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AtHPPD-Y13287 complex | ||||||
![]() | 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, H.-Y. / Dong, J. / Yang, G.-F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of Subnanomolar Inhibitors of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Structure-Based Rational Design. 著者: Dong, J. / Dong, J. / Yu, X.H. / Yan, Y.C. / Nan, J.X. / Ye, B.Q. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 760.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7x5yC ![]() 7x5zC ![]() 7x62C ![]() 7x64C ![]() 7x67C ![]() 7x69C ![]() 7x8hC ![]() 7x8iC ![]() 8howC ![]() 7x6nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45952.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-92X / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris/Bicine pH 8.5, 15% (v/v) MPD, 15% (w/v) PEG 1000, 15% (w/v) PEG 3350, 0.03M NaBr, 0.03M NaF, 0.03M NaI |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→56 Å / Num. obs: 33278 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Num. unique obs: 2439 / CC1/2: 0.822 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7X6N 解像度: 1.83→37.693 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.693 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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