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- PDB-7xvh: Crystal structure of AtHPPD-Y13287 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xvh
タイトルCrystal structure of AtHPPD-Y13287 complex
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-92X / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Lin, H.-Y. / Dong, J. / Yang, G.-F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Subnanomolar Inhibitors of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Structure-Based Rational Design.
著者: Dong, J. / Dong, J. / Yu, X.H. / Yan, Y.C. / Nan, J.X. / Ye, B.Q. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4303
ポリマ－45,9531
非ポリマー4772
水1,838102
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8606
ポリマ－91,9052
非ポリマー9554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area3270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.620, 83.890, 61.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / 4HPPD / HPD / HPPDase


分子量: 45952.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-92X / 1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)-6-(2-oxidanyl-6-oxidanylidene-cyclohexen-1-yl)carbonyl-quinazoline-2,4-dione


分子量: 418.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris/Bicine pH 8.5, 15% (v/v) MPD, 15% (w/v) PEG 1000, 15% (w/v) PEG 3350, 0.03M NaBr, 0.03M NaF, 0.03M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→56 Å / Num. obs: 33278 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Num. unique obs: 2439 / CC1/2: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X6N

7x6n


解像度: 1.83→37.693 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 2000 6.01 %
Rwork0.2002 --
obs0.2019 33251 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 32 102 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8644021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6022349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.87580.34521490.32172196X-RAY DIFFRACTION99
1.8758-1.92650.42161320.37742202X-RAY DIFFRACTION98
1.9265-1.98320.28921390.2682200X-RAY DIFFRACTION98
1.9832-2.04720.32171450.23672247X-RAY DIFFRACTION99
2.0472-2.12040.31211380.24592241X-RAY DIFFRACTION99
2.1204-2.20530.25921410.22462218X-RAY DIFFRACTION99
2.2053-2.30560.29261440.2472196X-RAY DIFFRACTION97
2.3056-2.42710.24021450.21772226X-RAY DIFFRACTION99
2.4271-2.57920.2611390.2212243X-RAY DIFFRACTION100
2.5792-2.77830.24891510.21682251X-RAY DIFFRACTION99
2.7783-3.05770.26421380.20222255X-RAY DIFFRACTION100
3.0577-3.49990.23081480.18742240X-RAY DIFFRACTION99
3.4999-4.40850.17891440.1692271X-RAY DIFFRACTION99
4.4085-37.6930.19031470.17862265X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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