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- PDB-7xuy: Crystal structure of 5-chloro-2-hydroxymuconate tautomerase CnbG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xuy
タイトルCrystal structure of 5-chloro-2-hydroxymuconate tautomerase CnbG
要素Tautomerase
キーワードISOMERASE / catechol meta-cleavage pathway / beta-alpha-beta block / chloronitrobenzene degradation / hexamer
機能・相同性異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 / 4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / : / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Tautomerase
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni CNB-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Ma, H.L. / Li, D.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFC1808801 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of 5-chloro-2-hydroxymuconate tautomerase CnbG.
著者: Ma, H.L. / Ding, M. / Guo, L. / Li, D.F.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1111
ポリマ－8,1111
非ポリマー00
水1448
1
A: Tautomerase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6686
ポリマ－48,6686
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area12630 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.407, 81.407, 63.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tautomerase


分子量: 8111.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni CNB-1 (バクテリア)
遺伝子: cnbG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q38M36, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.26 Å / Num. obs: 5614 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 409 / CC1/2: 0.857 / Rrim(I) all: 0.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX1.14_3260位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAZ

4faz


解像度: 2.001→30.84 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 18.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 292 5 %Random
Rwork0.1778 5317 --
obs-5609 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.69 Å2 / Biso mean: 59.7908 Å2 / Biso min: 34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→30.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数512 0 0 8 520
Biso mean---57.86 -
残基数----64
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.001-2.52020.23631390.21532632
2.5202-30.830.19481530.17052685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4015-2.11330.39277.6615-2.26627.6639-0.08320.44340.5358-1.1197-0.1105-0.63140.31120.3040.39120.4328-0.01280.04450.401-0.02210.41179.26921.701424.7036
23.5561-0.14840.88996.02210.04442.9452-0.1426-0.14-0.3021-0.1822-0.2477-1.53270.87711.19280.11550.44760.19460.02250.7883-0.12850.698218.2726-5.89429.6846
33.7874-0.9783-1.38187.9812-0.46394.2680.00120.32570.1051-0.37720.03630.0463-0.46950.3704-0.02720.481-0.0220.00290.43230.02470.35774.59776.604823.2133
42.67472.9758-0.73965.09290.73096.925-0.3831.59430.8079-0.8885-0.48350.2980.03021.46020.14291.119-0.1280.04380.66680.27950.87376.808620.705916.102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 38 )A13 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 56 )A39 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 64 )A57 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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