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- PDB-7xur: The cryo-EM structure of human mini-SNAPc in complex with hU6-1 PSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xur
タイトルThe cryo-EM structure of human mini-SNAPc in complex with hU6-1 PSE
要素
  • (DNA (35-MER)) x 2
  • (snRNA-activating protein complex subunit ...) x 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / snRNA / Transcription factor / Complex / PSE. / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription by RNA polymerase III ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex subunit 4 / snRNA-activating protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Wang, W. / Sun, J.F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171207 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970584 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000857 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of human SNAPc recognizing proximal sequence element of snRNA promoter.
著者: Jianfeng Sun / Xue Li / Xuben Hou / Sujian Cao / Wenjin Cao / Ye Zhang / Jinyang Song / Manfu Wang / Hao Wang / Xiaodong Yan / Zengpeng Li / Robert G Roeder / Wei Wang /
要旨: In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA ...In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA activating protein complex (SNAPc) exclusively recognizes the proximal sequence element (PSE) at snRNA promoters and recruits RNA polymerase II or III to initiate transcription. In view that homozygous gene-knockout of SNAPc core subunits causes mouse embryonic lethality, functions of SNAPc are almost housekeeping. But so far, the structural insight into how SNAPc assembles and regulates snRNA transcription initiation remains unclear. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the essential part of human SNAPc in complex with human U6-1 PSE at an overall resolution of 3.49 Å. This structure reveals the three-dimensional features of three conserved subunits (N-terminal domain of SNAP190, SNAP50, and SNAP43) and explains how they are assembled into a stable mini-SNAPc in PSE-binding state with a "wrap-around" mode. We identify three important motifs of SNAP50 that are involved in both major groove and minor groove recognition of PSE, in coordination with the Myb domain of SNAP190. Our findings further elaborate human PSE sequence conservation and compatibility for SNAPc recognition, providing a clear framework of snRNA transcription initiation, especially the U6 system.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: snRNA-activating protein complex subunit 4
B: snRNA-activating protein complex subunit 3
C: snRNA-activating protein complex subunit 1
X: DNA (35-MER)
Y: DNA (35-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,8137
ポリマ－162,6825
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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SnRNA-activating protein complex subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 snRNA-activating protein complex subunit 4 / SNAPc subunit 4 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit alpha / PSE- ...SNAPc subunit 4 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit alpha / PSE-binding factor subunit alpha / PTF subunit alpha / snRNA-activating protein complex 190 kDa subunit / SNAPc 190 kDa subunit


分子量: 60780.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC4, SNAP190
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5SXM2
#2: タンパク質 snRNA-activating protein complex subunit 3 / SNAPc subunit 3 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit beta / PSE-binding ...SNAPc subunit 3 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit beta / PSE-binding factor subunit beta / PTF subunit beta / Small nuclear RNA-activating complex polypeptide 3 / snRNA-activating protein complex 50 kDa subunit / SNAPc 50 kDa subunit


分子量: 46812.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC3, SNAP50
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92966
#3: タンパク質 snRNA-activating protein complex subunit 1 / SNAPc subunit 1 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit gamma / PSE- ...SNAPc subunit 1 / Proximal sequence element-binding transcription factor subunit gamma / PSE-binding factor subunit gamma / PTF subunit gamma / Small nuclear RNA-activating complex polypeptide 1 / snRNA-activating protein complex 43 kDa subunit / SNAPc 43 kDa subunit


分子量: 33559.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC1, SNAP43
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16533

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#4: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10726.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10803.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSECOMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2human mini-SNAPcCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#4-#51SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67058 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058030
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66611028
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.5091370
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421155
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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