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- PDB-7xtp: eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xtp
タイトルeIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
  • VH-S4ss
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cap-Dependent Translation
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / stem cell population maintenance / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of neuron differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MGO / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.828 Å
データ登録者Brown, C.J. / Frosi, Y. / Jiang, S. / Lin, Y.C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Other government シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering an autonomous VH domain to modulate intracellular pathways and to interrogate the eIF4F complex.
著者: Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Shimin, J. / Ramlan, S.R. / Hew, K. / Engman, A.H. / Pillai, A. / Yeung, K. / Cheng, Y.X. / Cornvik, T. / Nordlund, P. / Goh, M. / Lama, D. / Gates, Z.P. / Verma, C.S. ...著者: Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Shimin, J. / Ramlan, S.R. / Hew, K. / Engman, A.H. / Pillai, A. / Yeung, K. / Cheng, Y.X. / Cornvik, T. / Nordlund, P. / Goh, M. / Lama, D. / Gates, Z.P. / Verma, C.S. / Thean, D. / Lane, D.P. / Asial, I. / Brown, C.J.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
C: VH-S4ss
D: VH-S4ss
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3446
ポリマ－83,2694
非ポリマー1,0742
水6,990388
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子

C: VH-S4ss


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1723
ポリマ－41,6352
非ポリマー5371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area2010 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子

D: VH-S4ss


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1723
ポリマ－41,6352
非ポリマー5371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_644-x+1,y-1/2,-z-11
Buried area2040 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.623, 57.207, 78.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.951, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E


分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#2: 抗体 VH-S4ss


分子量: 16504.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered Autonomous VH domain with Intra-disulphide Bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物 ChemComp-MGO / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 537.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.828→46.332 Å / Num. obs: 59269 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.828→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3593 / Rrim(I) all: 1.691 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D6Y

7d6y


解像度: 1.828→46.332 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.216 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 3060 5.163 %
Rwork0.2263 56209 -
all0.228 --
obs-59269 99.059 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.332 Å20 Å2-0.491 Å2
2---0.832 Å2-0 Å2
3----0.428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.828→46.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4849 0 58 388 5295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0135101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0154709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.6396949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1341.58810833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8535637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62221.375269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49615853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg10.802158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4961539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1670.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.24343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.22386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.22253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1280.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.10.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7462.3312485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7462.332484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3453.4873110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3453.4873111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6552.432616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6552.432616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1653.6013828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1653.6013829
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.94726.7555768
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.79826.4845672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.828-1.8760.3212060.3174095X-RAY DIFFRACTION97.8389
1.876-1.9270.3172080.3124063X-RAY DIFFRACTION99.6965
1.927-1.9830.2892100.2673948X-RAY DIFFRACTION99.7601
1.983-2.0440.3251920.2543852X-RAY DIFFRACTION99.5324
2.044-2.1110.31880.2543717X-RAY DIFFRACTION99.4145
2.111-2.1850.3011850.2343570X-RAY DIFFRACTION99.3124
2.185-2.2670.262240.2283446X-RAY DIFFRACTION99.5659
2.267-2.360.271970.2313302X-RAY DIFFRACTION99.2906
2.36-2.4640.2751830.2213042X-RAY DIFFRACTION95.5839
2.464-2.5850.251830.2123046X-RAY DIFFRACTION99.3844
2.585-2.7240.2451710.2212922X-RAY DIFFRACTION99.5174
2.724-2.8890.2681510.212747X-RAY DIFFRACTION99.759
2.889-3.0890.2451490.2182585X-RAY DIFFRACTION99.6356
3.089-3.3360.2751150.2212452X-RAY DIFFRACTION99.8833
3.336-3.6530.2731140.2162265X-RAY DIFFRACTION99.8321
3.653-4.0830.2381380.2072012X-RAY DIFFRACTION99.768
4.083-4.7130.1981050.1811684X-RAY DIFFRACTION94.606
4.713-5.7670.225780.2051535X-RAY DIFFRACTION99.3839
5.767-8.1340.237350.2171231X-RAY DIFFRACTION100
8.134-46.3320.188280.234695X-RAY DIFFRACTION99.4498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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