PDB-7xtp: eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xtp

タイトル

eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E
VH-S4ss

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Cap-Dependent Translation

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.828 Å

データ登録者

Brown, C.J. / Frosi, Y. / Jiang, S. / Lin, Y.C.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering an autonomous VH domain to modulate intracellular pathways and to interrogate the eIF4F complex.
著者: Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Shimin, J. / Ramlan, S.R. / Hew, K. / Engman, A.H. / Pillai, A. / Yeung, K. / Cheng, Y.X. / Cornvik, T. / Nordlund, P. / Goh, M. / Lama, D. / Gates, Z.P. / Verma, C.S. ...

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xtp.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xtp.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xtp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xtp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7xtp_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7xtp_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d8bC 7d6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (16)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: VH-S4ss

D: VH-S4ss

ヘテロ分子

84.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

C: VH-S4ss

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

D: VH-S4ss

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.623, 57.207, 78.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.951, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E 分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質	VH-S4ss 分子量: 16504.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Engineered Autonomous VH domain with Intra-disulphide Bond. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物	ChemComp-MGO / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE 分子量: 537.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₁₄P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.89 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.828→46.332 Å / Num. obs: 59269 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.828→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3593 / R_rim(I) all: 1.691 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7D6Y

7d6y

解像度: 1.828→46.332 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 4.216 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	3060	5.163 %
R_work	0.2263	56209	-
all	0.228	-	-
obs	-	59269	99.059 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.332 Å²	0 Å²	-0.491 Å²
2-	-	-0.832 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.828→46.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4849	0	58	388	5295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	5101
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.015	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.639	6949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.134	1.588	10833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.853	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.622	21.375	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.496	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	10.802	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.496	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.2	844
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	2.331	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.746	2.33	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.345	3.487	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.345	3.487	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.655	2.43	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.655	2.43	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.165	3.601	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.165	3.601	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.947	26.755	5768
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.798	26.484	5672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.828-1.876	0.321	206	0.317	4095	X-RAY DIFFRACTION	97.8389
1.876-1.927	0.317	208	0.312	4063	X-RAY DIFFRACTION	99.6965
1.927-1.983	0.289	210	0.267	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.7601
1.983-2.044	0.325	192	0.254	3852	X-RAY DIFFRACTION	99.5324
2.044-2.111	0.3	188	0.254	3717	X-RAY DIFFRACTION	99.4145
2.111-2.185	0.301	185	0.234	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.3124
2.185-2.267	0.26	224	0.228	3446	X-RAY DIFFRACTION	99.5659
2.267-2.36	0.27	197	0.231	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.2906
2.36-2.464	0.275	183	0.221	3042	X-RAY DIFFRACTION	95.5839
2.464-2.585	0.25	183	0.212	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.3844
2.585-2.724	0.245	171	0.221	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.5174
2.724-2.889	0.268	151	0.21	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.759
2.889-3.089	0.245	149	0.218	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.6356
3.089-3.336	0.275	115	0.221	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.8833
3.336-3.653	0.273	114	0.216	2265	X-RAY DIFFRACTION	99.8321
3.653-4.083	0.238	138	0.207	2012	X-RAY DIFFRACTION	99.768
4.083-4.713	0.198	105	0.181	1684	X-RAY DIFFRACTION	94.606
4.713-5.767	0.225	78	0.205	1535	X-RAY DIFFRACTION	99.3839
5.767-8.134	0.237	35	0.217	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
8.134-46.332	0.188	28	0.234	695	X-RAY DIFFRACTION	99.4498

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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