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- PDB-7xsw: Structure of SARS-CoV-2 antibody S309 with GX/P2V/2017 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xsw
タイトルStructure of SARS-CoV-2 antibody S309 with GX/P2V/2017 RBD
要素
  • S309 Heavy Chain
  • S309 Lambda Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / GX/P2V/2017 / RBD / antibody / S309 / Fab / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jia, Y.F. / Chai, Y. / Wang, Q.H. / Gao, G.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Cross-reaction of current available SARS-CoV-2 MAbs against the pangolin-origin coronavirus GX/P2V/2017.
著者: Jia, Y. / Niu, S. / Hu, Y. / Chai, Y. / Zheng, A. / Su, C. / Wu, L. / Han, P. / Han, P. / Lu, D. / Liu, Z. / Yan, X. / Tian, D. / Chen, Z. / Qi, J. / Tian, W.X. / Wang, Q. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S309 Heavy Chain
L: S309 Lambda Chain
R: Spike protein S1
A: S309 Heavy Chain
B: S309 Lambda Chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4027
ポリマ－145,8316
非ポリマー5711
水00
1
H: S309 Heavy Chain
L: S309 Lambda Chain
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4864
ポリマ－72,9163
非ポリマー5711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area29320 Å2
手法PISA
2
A: S309 Heavy Chain
B: S309 Lambda Chain
C: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9163
ポリマ－72,9163
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.639, 73.599, 105.615
Angle α, β, γ (deg.)110.527, 92.075, 97.049
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: 抗体 S309 Heavy Chain


分子量: 25386.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S309 Lambda Chain


分子量: 23291.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 24237.365 Da / 分子数: 2 / Fragment: BetaCoV S1-CTD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6G6A2Q2
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M MES (pH 6.0), 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 40975 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.94 % / Rrim(I) all: 3.421 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Num. unique obs: 6611 / Rrim(I) all: 3.303

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7R6X

7r6x


解像度: 3.3→48.54 Å / SU ML: 0.663 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.6184
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3216 1999 9.21 %
Rwork0.2766 19704 -
obs0.2808 21703 94.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9555 0 38 0 9593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.543413344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04371492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.52513495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.390.4031290.37891337X-RAY DIFFRACTION89.66
3.39-3.480.4531520.34711462X-RAY DIFFRACTION97.4
3.48-3.580.3891540.34691400X-RAY DIFFRACTION96.76
3.58-3.690.36731400.32241413X-RAY DIFFRACTION95.33
3.69-3.830.38821270.32541392X-RAY DIFFRACTION94.11
3.83-3.980.37681550.31911447X-RAY DIFFRACTION97.33
3.98-4.160.34631550.28941458X-RAY DIFFRACTION96.76
4.16-4.380.32771330.27821408X-RAY DIFFRACTION95.71
4.38-4.650.29151350.24741419X-RAY DIFFRACTION95.63
4.65-5.010.28681500.241372X-RAY DIFFRACTION91.69
5.01-5.520.30161480.25221428X-RAY DIFFRACTION96.87
5.52-6.310.30371390.25671424X-RAY DIFFRACTION96.72
6.31-7.950.32381380.26281385X-RAY DIFFRACTION92.7
7.95-48.540.22621440.22031359X-RAY DIFFRACTION92.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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