PDB-7xsh: Crystal structure of ClAgl29B bound with L-glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xsh

タイトル

Crystal structure of ClAgl29B bound with L-glucose

要素

Alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Cecembia lonarensis LW9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.708 Å

データ登録者

Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Okuyama, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Discovery of alpha-l-Glucosidase Raises the Possibility of alpha-l-Glucosides in Nature.
著者: Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Ueda, Y. / Lang, W. / Kimura, A. / Okuyama, M.

履歴

登録	2022年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xsh.cif.gz	258.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xsh.ent.gz	196.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xsh_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xsh_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7xsh_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	7xsh_validation.cif.gz	68.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xsfC 7xsgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-L-fucosidase

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.393, 121.583, 166.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 33 - 586 / Label seq-ID: 34 - 587

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Alpha-L-fucosidase / alpha-L-glucosidase

分子量: 67198.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cecembia lonarensis LW9 (バクテリア)
遺伝子: B879_03287 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: K1KV82

#2: 糖

ChemComp-Z8T / beta-L-glucopyranose / beta-L-glucose / L-glucose / glucose / β-L-グルコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 701分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	GenBank EKB48090.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 3.5), 5% PEG 20,000, 5% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.708→98.164 Å / Num. obs: 159024 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.101 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 17.44
反射シェル	解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 25291 / CC_1/2: 0.81 / R_rim(I) all: 0.942 / R_sym value: 0.863 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Apo form

解像度: 1.708→46.598 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.15 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	7948	4.998 %
R_work	0.1789	151073	-
all	0.18	-	-
obs	-	159021	99.827 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.261 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.425 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.708→46.598 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8872	0	76	692	9640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.635	12551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.453	1.561	19278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.564	5	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.178	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.408	10	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.146	10	453
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	4618
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.076	2.5	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.075	2.5	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.083	3.732	5532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.083	3.733	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.655	2.731	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.654	2.732	4844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.086	3.978	7019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.086	3.979	7020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.579	36.066	10751
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.491	34.754	10602
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.09	0.05	18939

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.708-1.753	0.308	569	0.297	10850	0.298	11648	0.939	0.94	98.034	0.263
1.753-1.801	0.282	567	0.264	10778	0.265	11349	0.942	0.952	99.9648	0.227
1.801-1.853	0.27	555	0.246	10547	0.247	11104	0.944	0.957	99.982	0.207
1.853-1.91	0.235	536	0.219	10195	0.219	10733	0.96	0.966	99.9814	0.178
1.91-1.972	0.225	518	0.207	9859	0.208	10377	0.966	0.97	100	0.167
1.972-2.041	0.215	506	0.198	9594	0.199	10101	0.968	0.973	99.9901	0.163
2.041-2.118	0.199	486	0.185	9258	0.185	9744	0.974	0.977	100	0.154
2.118-2.204	0.207	471	0.183	8921	0.184	9395	0.972	0.979	99.9681	0.155
2.204-2.302	0.196	450	0.175	8544	0.176	8994	0.976	0.981	100	0.151
2.302-2.414	0.208	432	0.17	8223	0.172	8656	0.971	0.982	99.9884	0.147
2.414-2.544	0.21	410	0.171	7780	0.173	8190	0.971	0.982	100	0.147
2.544-2.698	0.194	390	0.16	7415	0.162	7805	0.978	0.984	100	0.14
2.698-2.884	0.193	367	0.158	6972	0.16	7339	0.978	0.985	100	0.141
2.884-3.114	0.178	341	0.159	6493	0.16	6835	0.98	0.985	99.9854	0.146
3.114-3.41	0.185	316	0.165	6000	0.166	6317	0.981	0.984	99.9842	0.156
3.41-3.81	0.175	289	0.16	5478	0.161	5768	0.98	0.985	99.9827	0.156
3.81-4.394	0.153	253	0.144	4838	0.145	5093	0.985	0.987	99.9607	0.146
4.394-5.37	0.185	218	0.155	4130	0.157	4350	0.986	0.988	99.954	0.162
5.37-7.544	0.246	172	0.205	3269	0.207	3441	0.976	0.982	100	0.204
7.544-46.598	0.214	102	0.201	1929	0.202	2045	0.979	0.979	99.3154	0.208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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