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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xsf | ||||||
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Title | Crystal structure of ClAgl29A | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alpha-L-fucosidase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Okuyama, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery of alpha-l-Glucosidase Raises the Possibility of alpha-l-Glucosides in Nature. Authors: Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Ueda, Y. / Lang, W. / Kimura, A. / Okuyama, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 179.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xsgC ![]() 7xshC ![]() 2xsdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 24 - 573 / Label seq-ID: 23 - 572
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 66149.219 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Sequence details | GenBank EKB28091.1 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 16% PEG3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→82.9 Å / Num. obs: 76908 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 12196 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.96 / Rsym value: 0.89 / % possible all: 97.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2XSD Resolution: 2.006→47.806 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.353 / SU ML: 0.195 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.173 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.108 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.006→47.806 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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