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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xsh | ||||||
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Title | Crystal structure of ClAgl29B bound with L-glucose | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Okuyama, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery of alpha-l-Glucosidase Raises the Possibility of alpha-l-Glucosides in Nature. Authors: Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Ueda, Y. / Lang, W. / Kimura, A. / Okuyama, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 258.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 196.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xsfC ![]() 7xsgC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 33 - 586 / Label seq-ID: 34 - 587
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB![](data/chem/img/Z8T.gif)
![](data/chem/img/Z8T.gif)
#1: Protein | Mass: 67198.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | |
---|
-Non-polymers , 5 types, 701 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CIT / | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Sequence details | GenBank EKB48090.1 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 Details: 0.1 M sodium citrate (pH 3.5), 5% PEG 20,000, 5% 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.708→98.164 Å / Num. obs: 159024 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 17.44 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.81 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 25291 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.942 / Rsym value: 0.863 / % possible all: 99.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Apo form Resolution: 1.708→46.598 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.15 / SU ML: 0.067 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.522 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.708→46.598 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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