PDB-7xsf: Crystal structure of ClAgl29A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xsf

タイトル

Crystal structure of ClAgl29A

要素

Alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Cecembia lonarensis LW9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.006 Å

データ登録者

Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Okuyama, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Discovery of alpha-l-Glucosidase Raises the Possibility of alpha-l-Glucosides in Nature.
著者: Shishiuchi, R. / Kang, H. / Tagami, T. / Ueda, Y. / Lang, W. / Kimura, A. / Okuyama, M.

履歴

登録	2022年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xsf.cif.gz	235.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xsf.ent.gz	179.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xsf_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xsf_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	7xsf_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	7xsf_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xsgC 7xshC 2xsdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-L-fucosidase

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.577, 95.521, 83.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.331, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 24 - 573 / Label seq-ID: 23 - 572

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Alpha-L-fucosidase / alpha-L-glucosidase 分子量: 66149.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cecembia lonarensis LW9 (バクテリア) 遺伝子: B879_03288 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: K1KZY4
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	GenBank EKB28091.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 16% PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→82.9 Å / Num. obs: 76908 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 42.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 12196 / CC_1/2: 0.9 / R_rim(I) all: 0.96 / R_sym value: 0.89 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XSD

2xsd

解像度: 2.006→47.806 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 8.353 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	3855	5.014 %
R_work	0.2046	73036	-
all	0.207	-	-
obs	-	76891	98.848 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.669 Å²	0 Å²	-1.326 Å²
2-	-	7.172 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.006→47.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8634	0	15	203	8852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	8915
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.082	1.643	12074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.381	1.561	18387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.972	5	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.646	10	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.664	10	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.605	10	460
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	7344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.199	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.568	4.467	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.563	4.467	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.944	6.694	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.944	6.695	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.693	4.682	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.693	4.682	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.209	6.913	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.209	6.913	6817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.763	57.948	10079
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.764	57.722	10063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.051	0.05	18544

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05067	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05067	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.006-2.058	0.423	275	0.385	5172	0.387	5721	0.762	0.778	95.2106	0.339
2.058-2.114	0.37	275	0.357	5254	0.357	5588	0.795	0.805	98.9442	0.308
2.114-2.176	0.348	269	0.339	5087	0.34	5407	0.805	0.817	99.0568	0.283
2.176-2.242	0.319	262	0.324	4957	0.324	5274	0.886	0.865	98.9572	0.275
2.242-2.316	0.355	249	0.305	4742	0.307	5126	0.851	0.89	97.3664	0.257
2.316-2.397	0.285	246	0.274	4666	0.274	4947	0.905	0.928	99.2925	0.236
2.397-2.487	0.29	239	0.245	4507	0.247	4773	0.932	0.95	99.4343	0.212
2.487-2.588	0.248	229	0.221	4327	0.223	4576	0.96	0.963	99.5629	0.191
2.588-2.703	0.274	219	0.213	4156	0.216	4397	0.95	0.97	99.4997	0.189
2.703-2.834	0.258	212	0.21	3997	0.213	4224	0.958	0.973	99.6449	0.19
2.834-2.987	0.249	201	0.203	3832	0.206	4048	0.959	0.974	99.6294	0.188
2.987-3.168	0.232	187	0.202	3574	0.204	3774	0.966	0.974	99.6555	0.191
3.168-3.385	0.238	175	0.196	3308	0.198	3584	0.963	0.977	97.1819	0.19
3.385-3.655	0.238	165	0.195	3146	0.197	3313	0.963	0.978	99.9396	0.193
3.655-4.002	0.182	155	0.163	2934	0.164	3089	0.981	0.985	100	0.166
4.002-4.47	0.171	138	0.145	2624	0.147	2766	0.982	0.988	99.8554	0.155
4.47-5.154	0.198	123	0.14	2338	0.143	2463	0.983	0.99	99.9188	0.156
5.154-6.294	0.243	106	0.156	1972	0.16	2110	0.979	0.988	98.4834	0.172
6.294-8.825	0.204	82	0.155	1535	0.157	1642	0.978	0.986	98.4775	0.174
8.825-47.806	0.201	48	0.185	908	0.186	958	0.984	0.981	99.7912	0.216

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