ソフトウェア 名称 バージョン 分類 Aimless0.5.21データスケーリング PHASER2.6.1位相決定 REFMAC5.8.0232精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1M6T, 1F58解像度 : 2.1→42.74 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.952 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.916 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.323 / ESU R Free : 0.237 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2684 2917 5 % RANDOM Rwork 0.2136 - - - obs 0.2164 54939 94.56 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 162.47 Å2 / Biso mean : 53.416 Å2 / Biso min : 19.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.8 Å2 -0 Å2 0.33 Å2 2- - 0.18 Å2 0 Å2 3- - - 0.48 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.1→42.74 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 8291 0 0 665 8956 Biso mean - - - 40.6 - 残基数 - - - - 1074
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.004 0.013 8611 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.036 0.017 7645 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.319 1.646 11736 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg2.382 1.575 17917 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.413 5 1099 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.962 23.731 402 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg17.075 15 1425 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg14.539 15 33 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.052 0.2 1161 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 9654 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.005 0.02 1725
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.352 194 - Rwork 0.339 4064 - all - 4258 - obs - - 94.5 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 10) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 4.9375 2.7818 0.8986 1.9747 0.6817 2.5289 -0.0102 0.1542 0.0928 -0.1329 0.1578 -0.0422 -0.0414 0.0422 -0.1477 0.0488 0.0024 0.0376 0.0865 0.0131 0.0402 -47.276 -25.826 212.1 2 2.2096 -2.4325 -1.5419 3.9052 2.6052 3.738 0.1733 0.1849 0.0194 -0.2716 -0.1691 0.1779 0.0197 -0.1531 -0.0043 0.088 0.005 0.0062 0.1932 0.0025 0.0629 -21.113 -35.407 190.111 3 2.6788 -0.5468 -1.7021 1.3165 1.4814 3.3043 -0.127 -0.0415 -0.3006 0.1497 0.0398 -0.1038 0.4472 -0.0374 0.0873 0.0962 -0.0507 0.0039 0.1007 0.0205 0.1382 -51.397 -47.947 213.976 4 4.5347 1.0372 -0.4793 6.1599 -0.2801 1.5739 -0.2017 -0.1429 -0.0022 -0.1318 0.1871 -0.082 -0.0706 0.1892 0.0147 0.0355 0.0449 0.0004 0.1804 -0.003 0.0019 -15.354 -43.765 202.156 5 2.7375 -0.0353 2.2574 2.5197 0.4283 6.8409 0.0568 -0.1297 0.1078 -0.2725 -0.0021 0.3318 -0.0785 -0.7712 -0.0547 0.0873 -0.0956 -0.0283 0.3089 0.0775 0.2346 -75.252 -39.338 213.536 6 3.6565 -1.6174 0.1091 2.5843 -0.0716 1.5817 -0.0622 -0.0731 0.2118 0.2159 0.0505 0.1805 -0.0787 -0.1313 0.0116 0.0329 -0.0044 0.0327 0.0874 -0.0133 0.0614 -18.588 -15.732 163.945 7 2.0904 0.9072 -1.077 4.8675 -3.0797 3.5009 -0.0469 -0.4645 0.0775 0.3002 0.0251 -0.038 0.0986 0.0291 0.0219 0.1243 0.0084 0.0302 0.4006 -0.0742 0.0344 -44.458 -27.144 182.994 8 3.0501 0.4278 -1.4025 1.9763 -1.0667 2.8689 -0.0608 -0.0037 -0.1114 0.0357 0.0025 0.0015 0.1533 -0.1223 0.0584 0.0181 0.0035 0.0076 0.063 0.0026 0.012 -14.296 -37.288 158.852 9 3.7408 -1.8002 -0.6547 4.9835 0.9637 2.4611 -0.1186 -0.407 0.1048 0.1256 0.0829 0.1915 0.0898 -0.1697 0.0356 0.0563 -0.0742 0.0129 0.2282 -0.0157 0.0359 -51.776 -34.383 170.989 10 2.452 -0.474 0.7524 2.8906 -0.7365 6.1408 -0.0256 -0.3374 0.2483 0.4384 0.0147 -0.3932 -0.3873 0.2478 0.0108 0.0961 0.012 -0.0075 0.2065 -0.0123 0.2771 9.164 -29.535 164.401
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 L1 - 108 2 X-RAY DIFFRACTION 2 L109 - 213 3 X-RAY DIFFRACTION 3 H1 - 119 4 X-RAY DIFFRACTION 4 H120 - 221 5 X-RAY DIFFRACTION 5 X2 - 105 6 X-RAY DIFFRACTION 6 A1 - 108 7 X-RAY DIFFRACTION 7 A109 - 214 8 X-RAY DIFFRACTION 8 B1 - 119 9 X-RAY DIFFRACTION 9 B120 - 221 10 X-RAY DIFFRACTION 10 Y2 - 105