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万見
- PDB-7xrm: Ethanolamine ammonia-lyase complexed with AdoMeCbl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrm
タイトルEthanolamine ammonia-lyase complexed with AdoMeCbl
要素(Ethanolamine ammonia-lyase ...) x 2
キーワードLYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine ammonia-lyase / ethanolamine ammonia-lyase activity / ethanolamine ammonia-lyase complex / ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / cobalamin binding / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain, C-terminal / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, domain 2 / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / Ethanolamine ammonia lyase large subunit (EutB) / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Chem-FWK / AMMONIUM ION / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Shibata, N. / Toraya, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into the Very Low Activity of the Homocoenzyme B 12 Adenosylmethylcobalamin in Coenzyme B 12 -Dependent Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-Lyase.
著者: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Krautler, B. / Toraya, T.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
B: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
C: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
D: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,67421
ポリマ－156,4344
非ポリマー4,24017
水11,728651
1
A: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
B: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
C: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
D: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
B: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
C: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
D: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
B: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
C: Ethanolamine ammonia-lyase large subunit
D: Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,02263
ポリマ－469,30112
非ポリマー12,72151
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_745-y+2,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_875-x+y+3,-x+2,z1
Buried area62550 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area123270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.885, 242.885, 76.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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Ethanolamine ammonia-lyase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase large subunit / EAL large subunit / Ethanolamine ammonia-lyase alpha subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy ...EAL large subunit / Ethanolamine ammonia-lyase alpha subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine deaminase large subunit


分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutB, b2441, JW2434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase
#2: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / EAL small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase beta subunit / Ethanolamine ammonia-lyase light ...EAL small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase beta subunit / Ethanolamine ammonia-lyase light chain / Ethanolamine deaminase small subunit


分子量: 28769.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutC, b2440, JW2433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 5種, 668分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物 ChemComp-FWK / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-ethyl-oxolane-3,4-diol


分子量: 265.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1 M ammonium chloride, and 0.05 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→47 Å / Num. obs: 143007 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.71 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 7.64 % / Rmerge(I) obs: 1.173 / Num. unique obs: 10603 / CC1/2: 0.479 / Rrim(I) all: 1.258 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABR

3abr


解像度: 2.13→46.42 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 58.54 / 位相誤差: 26.0603
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 7190 5.03 %
Rwork0.1942 135810 -
obs0.1962 143005 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10770 0 288 651 11709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003411356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.887415458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04671769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.22231713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.170.29773290.27886788X-RAY DIFFRACTION95.26
2.17-2.210.29544060.26446747X-RAY DIFFRACTION94
2.21-2.250.26823530.25456827X-RAY DIFFRACTION94.99
2.25-2.30.2773300.24816799X-RAY DIFFRACTION95.08
2.3-2.350.27823590.24446748X-RAY DIFFRACTION94.54
2.35-2.40.28553330.23666837X-RAY DIFFRACTION94.91
2.4-2.460.26723570.23076790X-RAY DIFFRACTION95
2.46-2.530.24543630.22486775X-RAY DIFFRACTION94.44
2.53-2.60.2523500.22436779X-RAY DIFFRACTION94.55
2.6-2.680.24473590.21816795X-RAY DIFFRACTION94.41
2.68-2.780.23633650.21296761X-RAY DIFFRACTION94.28
2.78-2.890.22353570.20796822X-RAY DIFFRACTION94.42
2.89-3.020.23493560.20236766X-RAY DIFFRACTION94.34
3.02-3.180.22343960.19596756X-RAY DIFFRACTION93.39
3.18-3.380.20763530.1866764X-RAY DIFFRACTION94.11
3.38-3.640.21123440.17946799X-RAY DIFFRACTION93.93
3.64-4.010.17443640.16426765X-RAY DIFFRACTION93.83
4.01-4.590.18583660.15066797X-RAY DIFFRACTION93.47
4.59-5.780.19293560.16526842X-RAY DIFFRACTION93.55
5.78-46.420.21713940.19536858X-RAY DIFFRACTION92.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22930018808-0.3360999210920.09202889656570.786718454632-0.06996617238560.4382393870080.05175331722340.177059681783-0.432093716836-0.0561536938726-0.01573012080740.07027149779060.1444361747460.0529922426166-0.01373428687110.3224478681520.0177440927713-0.0277358075220.149744667693-0.08136470342810.334566494415371.83443939733.8266508257-10.1757439296
20.312188959399-0.332566943997-0.1230340485440.9529164378370.2391216884170.07482304514270.07262083711210.50627079266-0.609286887577-0.313263782476-0.06262918948450.1600659151140.227189535658-0.0678506461382-0.01304799043180.6227463923930.0362707649985-0.08422762664570.377696383283-0.4014570808830.814509714683366.95915554514.1006706629-28.4365487814
31.50869845484-0.2650746907020.1095992404280.8455963417870.02020542924170.825513850345-0.0141483184470.0201806747948-0.448087112240.02227243030390.02973068750690.2548412980250.141716082209-0.2017286096570.004478325567590.230822915148-0.0314762919594-0.009547693966030.1846268782260.01283631134870.344593356068337.32884221644.4763606226-4.36761011448
40.667074397328-0.082155078163-0.4079295670760.89980640337-0.1363345950611.3203299228-0.0858321407875-0.385627428908-0.7469060797360.2216107689780.08735903230840.4764373901790.437257730601-0.697094955594-0.01954112874190.598059160398-0.1287928297290.1201923659870.6736984050560.275435696370.941662297846330.13266212225.23195639713.9193289839
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 1 through 453)AA1 - 4531 - 453
22(chain 'B' and (resid 43 through 295 or resid 601))BB - C43 - 6011
33(chain 'C' and resid 1 through 453)CD1 - 4531 - 453
44(chain 'D' and (resid 44 through 295 or resid 601))DE - F44 - 6011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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