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- PDB-7xrf: Crystal structaure of DgpB/C complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrf
タイトルCrystal structaure of DgpB/C complex
要素
  • AP_endonuc_2 domain-containing protein
  • DgpB
キーワードLYASE / C-glycoside cleavage / isomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DUF6379 domain-containing protein / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種human intestinal bacterium PUE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.137 Å
データ登録者Ma, M. / He, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other government1000061223476 中国
Other government90011451310011 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of a dual-functional enzyme DgpA/B/C as both a C -glycoside cleaving enzyme and an O - to C -glycoside isomerase.
著者: He, P. / Wang, S. / Li, S. / Liu, S. / Zhou, S. / Wang, J. / Tao, J. / Wang, D. / Wang, R. / Ma, W.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP_endonuc_2 domain-containing protein
B: DgpB
C: AP_endonuc_2 domain-containing protein
D: DgpB
E: AP_endonuc_2 domain-containing protein
F: DgpB
G: AP_endonuc_2 domain-containing protein
H: DgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,18912
ポリマ－211,9708
非ポリマー2204
水4,288238
1
A: AP_endonuc_2 domain-containing protein
B: DgpB
E: AP_endonuc_2 domain-containing protein
F: DgpB
ヘテロ分子

C: AP_endonuc_2 domain-containing protein
D: DgpB
G: AP_endonuc_2 domain-containing protein
H: DgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,18912
ポリマ－211,9708
非ポリマー2204
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area19940 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area69600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.076, 159.704, 176.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
AP_endonuc_2 domain-containing protein


分子量: 36930.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human intestinal bacterium PUE (バクテリア)
遺伝子: dgpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q9WXL1
#2: タンパク質
DgpB


分子量: 16062.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human intestinal bacterium PUE (バクテリア)
遺伝子: dgpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q9WUX0
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium acetate and 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 226255 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.86 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.1→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 689 / CC1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EXZ

7exz


解像度: 2.137→19.836 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.82 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 3784 1.67 %
Rwork0.2061 222471 -
obs0.2069 226255 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.81 Å2 / Biso mean: 61.4346 Å2 / Biso min: 25.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.137→19.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14399 0 4 238 14641
Biso mean--57.09 57.43 -
残基数----1830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.137-2.16350.4611720.3869411948
2.1635-2.1920.36811350.4047784692
2.192-2.22190.39661430.396851799
2.2219-2.25360.44281440.3976847399
2.2536-2.28720.41861400.38868538100
2.2872-2.32290.42251470.37848999
2.3229-2.36090.39691450.3456853699
2.3609-2.40160.34151470.32268544100
2.4016-2.44520.35071460.3056846699
2.4452-2.49210.33421430.28438512100
2.4921-2.54290.33751480.2799853499
2.5429-2.59810.28421450.2593857999
2.5981-2.65840.33371440.246850299
2.6584-2.72470.27741430.2256847099
2.7247-2.79820.25781470.2344854899
2.7982-2.88030.27551470.2374851899
2.8803-2.97290.2941430.2263843499
2.9729-3.07880.29531420.2266844698
3.0788-3.20160.29771470.2275842498
3.2016-3.34670.25741470.2073842598
3.3467-3.52220.241450.1967833598
3.5222-3.74150.26031430.1867843498
3.7415-4.02810.27891370.1779826197
4.0281-4.42940.18121360.1627827996
4.4294-5.0610.19441360.15825096
5.061-6.34160.17971320.1761812195
6.3416-19.8360.19271400.1556787192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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