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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xr9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of DgpA with glucose | |||||||||
![]() | DgpA | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / C-glycoside cleavage / C-glycoside isomeriase | |||||||||
Function / homology | Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / beta-D-glucopyranose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Oxidoreductase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ma, W. / He, P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural mechanism of a dual-functional enzyme DgpA/B/C as both a C -glycoside cleaving enzyme and an O - to C -glycoside isomerase. Authors: He, P. / Wang, S. / Li, S. / Liu, S. / Zhou, S. / Wang, J. / Tao, J. / Wang, D. / Wang, R. / Ma, W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 784 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 657.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 88.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 115.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xreC ![]() 7xrfC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40135.203 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: dgpA / Production host: ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-BGC / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M magnesium formate and 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER R 1M / Detector: PIXEL / Date: Nov 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9875 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→54.574 Å / Num. obs: 95822 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 16.5 % / CC1/2: 0.86 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 1253 / CC1/2: 0.75 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.42→22.501 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 110.0652 Å / Origin y: 64.9805 Å / Origin z: 127.6035 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |