PDB-7xr5: Crystal structure of imine reductase with NAPDH from Streptomyces...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xr5

タイトル

Crystal structure of imine reductase with NAPDH from Streptomyces albidoflavus

要素

6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Streptomyces albidoflavus / NADP / R-imine reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albidoflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Zhang, J. / Chen, R.C. / Gao, S.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Actinomycetes-derived imine reductases with a preference towards bulky amine substrates.
著者: Zhang, J. / Li, X. / Chen, R. / Tan, X. / Liu, X. / Ma, Y. / Zhu, F. / An, C. / Wei, G. / Yao, Y. / Yang, L. / Zhang, P. / Wu, Q. / Sun, Z. / Wang, B.G. / Gao, S.S. / Cui, C.

履歴

登録	2022年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xr5.cif.gz	303 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xr5.ent.gz	194.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xr5_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xr5_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7xr5_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	7xr5_validation.cif.gz	79 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xe8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.282, 120.013, 76.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.178, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding / 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein 分子量: 32428.541 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces albidoflavus (バクテリア) 遺伝子: SSHG_01979, XNRR2_3955 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6B3A0
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-9FO / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-nonadecaoxanonapentacontane-1,59-diol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-ノナデカオ(以下略) 分子量: 899.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₂O₂₁
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris ph7.5, 25% PEG 4000 0.25M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→34.46 Å / Num. obs: 166817 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.62
反射シェル	解像度: 1.58→1.636 Å / R_merge(I) obs: 0.8942 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique obs: 16450 / CC_1/2: 0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XE8

7xe8

解像度: 1.58→34.46 Å / SU ML: 0.1722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9093
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	8111	4.88 %
R_work	0.1791	158076	-
obs	0.1802	166187	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→34.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8173	0	302	1122	9597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	8640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0908	11793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0542	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1757	1330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.59	0.2931	253	0.2522	5298	X-RAY DIFFRACTION	97.78
1.59-1.61	0.2901	270	0.2475	5175	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.61-1.63	0.2768	282	0.2356	5338	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.63-1.65	0.2425	256	0.2212	5272	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.65-1.67	0.2286	276	0.2166	5289	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.67-1.7	0.252	289	0.2165	5285	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.7-1.72	0.2634	267	0.2241	5252	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.72-1.75	0.2656	260	0.2307	5284	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.77	0.2722	259	0.2211	5348	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.77-1.8	0.2588	213	0.2147	5281	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.8-1.83	0.2464	257	0.2084	5277	X-RAY DIFFRACTION	98.68
1.83-1.87	0.2603	208	0.2052	5262	X-RAY DIFFRACTION	97
1.87-1.9	0.2509	238	0.208	5244	X-RAY DIFFRACTION	98.12
1.9-1.94	0.2216	276	0.1997	5287	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.94-1.98	0.209	268	0.1941	5235	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.98-2.03	0.2021	273	0.1892	5329	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.03-2.08	0.2223	306	0.1909	5253	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.08-2.14	0.2188	264	0.1811	5343	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.14-2.2	0.2032	252	0.1744	5280	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.2-2.27	0.1944	268	0.1785	5293	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.27-2.35	0.2141	285	0.1798	5207	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.35-2.45	0.2103	270	0.1801	5178	X-RAY DIFFRACTION	97.2
2.45-2.56	0.2233	256	0.1829	5362	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.56-2.69	0.2147	280	0.1842	5226	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.69-2.86	0.2126	284	0.1784	5289	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.86-3.08	0.2033	347	0.1825	5240	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.08-3.39	0.1815	322	0.175	5109	X-RAY DIFFRACTION	96.72
3.39-3.88	0.1611	289	0.1513	5219	X-RAY DIFFRACTION	97.18
3.88-4.89	0.1487	278	0.1399	5313	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.89-34.46	0.1739	265	0.1571	5308	X-RAY DIFFRACTION	97.18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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