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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xqv | |||||||||
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タイトル | The complex of nanobody Rh57 binding to GTP-bound RhoA active form | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | ALANINE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y.R. / Liu, R. / Ding, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the binding of nanobody Rh57 to active RhoA-GTP. 著者: Zhang, Y. / Cheng, S. / Zhong, P. / Wang, Z. / Liu, R. / Ding, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xqv.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xqv.ent.gz | 51.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xqv_validation.pdf.gz | 778.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xqv_full_validation.pdf.gz | 781.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xqv_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xqv_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kmqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20696.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 16209.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 4種, 7分子
#3: 化合物 | ChemComp-ALA / |
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#4: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% (w/v) PEG 8000; 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid, pH 8.5; 200 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.76→71.01 Å / Num. obs: 9414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 75.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.381 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.389 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 237878 / Scaling rejects: 2202 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KMQ 解像度: 2.76→62.25 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.59 Å2 / Biso mean: 78.0749 Å2 / Biso min: 40.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.76→62.25 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %
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