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万見
- PDB-7xqv: The complex of nanobody Rh57 binding to GTP-bound RhoA active form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xqv
タイトルThe complex of nanobody Rh57 binding to GTP-bound RhoA active form
要素
  • Rh57
  • RhoA
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性ALANINE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Zhang, Y.R. / Liu, R. / Ding, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32070939 中国
National Science Foundation (NSF, China)82030106 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the binding of nanobody Rh57 to active RhoA-GTP.
著者: Zhang, Y. / Cheng, S. / Zhong, P. / Wang, Z. / Liu, R. / Ding, Y.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhoA
B: Rh57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5425
ポリマ－36,9072
非ポリマー6363
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.030, 142.030, 69.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RhoA


分子量: 20696.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Rh57


分子量: 16209.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 7分子

#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 8000; 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid, pH 8.5; 200 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→71.01 Å / Num. obs: 9414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 75.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.381 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.389 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 237878 / Scaling rejects: 2202
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.76-2.8326.53.889182006880.4430.7643.9651.2100
12.34-71.0117.80.07224081350.9990.0170.07440.599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KMQ

1kmq


解像度: 2.76→62.25 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 504 5.36 %
Rwork0.2199 8897 -
obs0.2228 9401 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.59 Å2 / Biso mean: 78.0749 Å2 / Biso min: 40.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→62.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2204 0 38 4 2246
Biso mean--78.38 62.61 -
残基数----279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.76-3.040.38181250.323521862311
3.04-3.480.35241410.254221642305
3.48-4.380.26491150.215222262341
4.38-62.250.22531230.195223212444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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