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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xq3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tetramer of thioredoxin domain containing-protein of Oncomelania hupensis(OhTRP14) | ||||||
要素 | Thioredoxin domain-containing protein 17 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Oncomelania hupensis / TRP14 / Redox regulation / Immunological properties | ||||||
機能・相同性 | Thioredoxin domain-containing protein 17-like domain / Thioredoxin domain-containing protein 17-like / Thioredoxin domain-containing protein 17-like, thioredoxin domain / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Thioredoxin-like superfamily / cytosol / Thioredoxin domain-containing protein 17 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oncomelania hupensis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S.Q. / Huang, S.Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the redox regulation of Oncomelania hupensis TRP14 and its potential role in the snail host response to parasite invasion. 著者: Huang, S. / Wang, S. / Su, Z. / Cao, Y. / Hong, W. / Lin, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xq3.cif.gz | 119.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xq3.ent.gz | 92.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xq3_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xq3_full_validation.pdf.gz | 458.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xq3_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xq3_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xq3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xpwC 1wouS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13874.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oncomelania hupensis (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P1CXZ6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M Sodium malonate pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 47643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 15.528 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Num. unique obs: 47643 / CC1/2: 0.967 / Rsym value: 0.273 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WOU 解像度: 1.77→35.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.33 Å2 / Biso mean: 22.43 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→35.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.815 Å / Rfactor Rfree error: 0
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