PDB-7xpv: crysteal structure of MtdL-S228A-His soaked with GDP-Fucf and Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xpv

タイトル

crysteal structure of MtdL-S228A-His soaked with GDP-Fucf and Mn

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / Chem-GRJ / : / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xpv.cif.gz	308 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xpv.ent.gz	249.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xpv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xpv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7xpv_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	7xpv_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xprSC 7xpsC 7xptC 7xpuC 8hl8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.135, 162.670, 114.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 43862.031 Da / 分子数: 2 / 変異: S228A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-GRJ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanyl-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]oxolan-2-yl] hydrogen phosphate 分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.93 Å / Num. obs: 36272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 478202

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.49	13.7	1.387	51648	3759	0.9	0.386	1.44	2.2	99.9
8.98-46.93	11.3	0.034	8691	772	1	0.01	0.036	38.3	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XPR

7xpr

解像度: 2.4→46.93 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	1823	5.05 %
R_work	0.2576	34266	-
obs	0.2594	36089	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.8 Å² / B_iso mean: 46.1317 Å² / B_iso min: 22.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5776	0	78	230	6084
B_iso mean	-	-	48.91	45.03	-
残基数	-	-	-	-	742

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3562	150	0.3283	2565	2715	100
2.46-2.54	0.3832	147	0.3149	2590	2737	99
2.54-2.62	0.2984	118	0.2975	2645	2763	100
2.62-2.71	0.3091	145	0.2869	2634	2779	100
2.71-2.82	0.3696	132	0.2883	2574	2706	99
2.82-2.95	0.3403	143	0.3003	2626	2769	100
2.95-3.11	0.2728	126	0.2723	2617	2743	99
3.11-3.3	0.3208	135	0.2719	2637	2772	99
3.3-3.55	0.3382	155	0.2574	2624	2779	100
3.55-3.91	0.2537	130	0.2366	2647	2777	100
3.91-4.48	0.2607	143	0.2188	2654	2797	100
4.48-5.64	0.272	135	0.2305	2703	2838	100
5.64-46.93	0.2591	164	0.2515	2750	2914	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3516	-0.5034	2.16	3.5784	0.1538	4.763	0.0218	-0.7129	0.0883	0.6025	-0.0928	0.3728	0.194	-0.0145	0.0573	0.632	-0.0616	0.0329	0.4642	-0.0376	0.3904	15.2403	23.1203	-2.7096
2	2.57	0.1907	0.0035	1.8883	0.0226	1.1278	0.0213	-0.0337	0.1423	0.0076	0.0072	-0.3552	-0.0374	0.0983	-0.0232	0.4753	-0.0607	0.0133	0.2416	-0.0309	0.4004	26.7761	21.9722	-22.0347
3	2.6594	0.1353	1.0975	2.9131	0.7088	1.3181	-0.0145	0.0267	0.0136	-0.159	0.0829	0.0026	-0.1488	0.0545	-0.0767	0.4127	-0.0308	0.0769	0.271	0.009	0.3582	13.6094	22.4255	-26.3519
4	2.6045	1.0731	-0.8096	1.3864	-0.1882	2.8803	-0.2997	0.5655	0.0611	-0.7137	0.3398	-0.0659	0.0581	-0.0729	-0.1405	0.5848	-0.0269	0.0891	0.367	0.0167	0.2643	20.8656	-14.61	-57.8077
5	1.3772	-0.783	-0.3381	1.3372	-0.3344	2.3022	0.0966	0.4516	-0.33	-0.3766	-0.0773	-0.3133	0.2151	-0.0695	-0.0456	0.4268	0.0313	0.0152	0.2145	-0.0495	0.4574	19.1104	-20.6072	-47.9639
6	2.274	0.6243	0.3307	7.2221	-1.3657	3.9352	-0.1723	-0.421	0.2857	0.0508	0.0532	-0.8459	-0.083	0.2164	0.0785	0.4996	-0.0133	-0.0654	0.2016	-0.0756	0.4347	30.8319	-8.429	-28.2747
7	2.5905	0.4678	-0.6487	2.088	0.3426	1.0052	0.035	-0.0429	-0.081	0.1568	0.0577	-0.3219	0.066	0.0918	-0.0991	0.4526	0.0504	0.0111	0.2222	-0.0311	0.355	24.9222	-14.7044	-35.1247
8	0.9285	-1.5069	0.1252	8.6578	0.7226	2.5079	-0.0277	-0.0579	-0.0087	0.1897	0.139	-0.1031	0.2652	0.0237	-0.0849	0.1568	-0.0441	0.0159	0.2408	0.0007	0.2189	15.4077	-11.8549	-27.0303
9	3.2136	-0.3608	-1.2412	5.2197	0.963	4.7764	-0.0912	-0.1127	-0.0098	0.6321	0.0475	-0.1005	0.7103	-0.1791	0.0162	0.3185	-0.0161	0.0079	0.1993	0.0513	0.3205	6.9231	-20.1303	-29.4671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 99 )	A	4 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 273 )	A	100 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 274 through 374 )	A	274 - 374
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 56 )	B	4 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 57 through 138 )	B	57 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 139 through 167 )	B	139 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 168 through 293 )	B	168 - 293
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 294 through 324 )	B	294 - 324
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 325 through 374 )	B	325 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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