PDB-8hl8: Crystal structrue of MtdL R257K mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hl8

タイトル

Crystal structrue of MtdL R257K mutant

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / : / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hl8.cif.gz	298.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hl8.ent.gz	243.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hl8_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hl8_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	8hl8_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8hl8_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xprC 7xpsC 7xptSC 7xpuC 7xpvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

C: Transglycosylse

ヘテロ分子

83.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

C: Transglycosylse

ヘテロ分子

C: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_545	x+1/2,y-1/2,z	1
crystal symmetry operation	7_545	-x+1/2,y-1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.605, 162.405, 116.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 41763.879 Da / 分子数: 2 / 変異: R257K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 10% (w/v) PEG 4000, 10% (w/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.84 Å / Num. obs: 32478 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.2 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 230290
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.303 / Num. measured all: 26291 / Num. unique obs: 3592 / CC_1/2: 0.866 / R_pim(I) all: 0.515 / R_rim(I) all: 1.403 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.2	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XPT

7xpt

解像度: 2.5→19.84 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2956	1567	4.86 %
R_work	0.2565	-	-
obs	0.2583	32243	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5777	0	2	131	5910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.437	8093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.445	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.58	0.3256	116	0.3373	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.67	0.3426	139	0.3231	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.78	0.3577	144	0.3012	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.78-2.91	0.3357	150	0.2973	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.06	0.3107	119	0.286	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.25	0.3366	136	0.2913	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.5	0.3503	158	0.2636	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5-3.85	0.3046	172	0.2459	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.85-4.4	0.2607	115	0.2223	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-5.52	0.2591	157	0.2198	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
5.52-19.84	0.2376	161	0.2265	2893	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7807	-0.0466	0.334	3.1829	0.3664	2.7305	-0.0476	0.7384	0.0287	-0.8006	0.01	-0.1082	0.2075	0.0134	-0.0025	0.4831	-0.0213	-0.1221	0.5205	-0.0595	0.3551	28.7625	14.0699	-0.3666
2	1.4135	-0.3782	0.5615	1.368	0.2734	0.7367	-0.05	0.5828	-0.1023	-0.4307	0.0019	0.4158	-0.1269	0.02	-0.0796	0.398	0.0542	-0.1115	0.2576	0.0325	0.4005	30.3921	19.9413	9.7249
3	2.0195	0.5141	-0.007	3.3284	0.0255	0.9095	-0.0029	0.0414	-0.0449	0.1229	0.0212	0.4827	0.0097	-0.0317	0.0181	0.3645	0.0089	-0.1026	0.2995	0.0144	0.4852	22.5763	11.9607	24.9504
4	1.3238	0.1323	0.1159	0.7909	-0.7544	0.9782	0.2273	0.2878	0.275	-0.5539	-0.0832	0.204	-0.0329	0.045	-0.0804	0.3133	0.0698	-0.1056	0.2304	-0.0592	0.6676	25.092	15.0835	20.7659
5	1.306	0.5165	0.9283	2.2601	-0.1478	2.0101	-0.0389	-0.1609	0.0377	0.3254	0.0273	-0.3285	-0.2645	-0.0421	0.012	0.3154	0.0234	0.0019	0.3489	-0.047	0.5152	39.1419	16.2467	29.1759
6	1.5303	-0.6241	0.5706	1.3752	-0.0781	1.192	0.0132	0.457	-0.0329	-0.3922	-0.0129	-0.0664	-0.2116	0.0866	-0.0239	0.4852	0.0035	0.0097	0.401	-0.0283	0.4841	20.9331	56.3121	8.0199
7	1.667	0.1583	-0.4364	1.4546	0.1215	1.0786	-0.0285	0.048	-0.0723	-0.122	0.0542	-0.3169	0.0428	0.1007	-0.0562	0.2819	0.0317	-0.1127	0.25	0.0118	0.3679	19.6689	59.2165	25.6267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 374 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 4 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 153 through 374 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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