PDB-7xpu: crystal structure of MtdL-S228A-His soaked GDP-Fucp and Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xpu

タイトル

crystal structure of MtdL-S228A-His soaked GDP-Fucp and Mn

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / : / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xpu.cif.gz	316.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xpu.ent.gz	253.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xpu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xpu_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xpu_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7xpu_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	7xpu_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xprSC 7xpsC 7xptC 7xpvC 8hl8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.189, 162.548, 115.662
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-680- HOH
2	1	B-699- HOH

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 43862.031 Da / 分子数: 2 / 変異: S228A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.64 Å / Num. obs: 46848 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.92 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 435511 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.27	9.2	0.99	37223	4034	0.916	0.34	1.049	2.3	99.2
9.07-47.64	7.7	0.035	5654	732	0.999	0.013	0.037	29.1	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11	精密化
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XPR

7xpr

解像度: 2.2→47.12 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2798	2174	4.66 %
R_work	0.2376	44486	-
obs	0.2397	46660	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.47 Å² / B_iso mean: 31.5892 Å² / B_iso min: 14.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5788	0	84	614	6486
B_iso mean	-	-	30.7	37.09	-
残基数	-	-	-	-	742

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.25	0.3613	139	0.292	2730	2869	99
2.25-2.3	0.3508	140	0.2873	2734	2874	99
2.3-2.36	0.3417	132	0.2716	2760	2892	99
2.36-2.42	0.3094	130	0.255	2765	2895	99
2.42-2.49	0.3332	114	0.2588	2813	2927	99
2.49-2.57	0.3233	113	0.2618	2778	2891	99
2.57-2.67	0.2869	116	0.2426	2764	2880	99
2.67-2.77	0.3142	109	0.2505	2781	2890	98
2.77-2.9	0.3453	124	0.2513	2771	2895	98
2.9-3.05	0.299	183	0.2451	2746	2929	100
3.05-3.24	0.2898	171	0.2363	2748	2919	99
3.24-3.49	0.2928	132	0.2282	2789	2921	99
3.49-3.84	0.2454	98	0.2121	2821	2919	99
3.84-4.4	0.2209	164	0.2087	2809	2973	100
4.4-5.54	0.2761	139	0.2207	2810	2949	98
5.54-47.12	0.2328	170	0.2386	2867	3037	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4029	-0.0845	-0.4312	3.0475	0.3579	3.2752	0.0038	0.641	-0.0278	-0.6271	-0.0944	0.0838	-0.0791	0.0823	0.0521	0.3961	0.0229	-0.0079	0.3514	-0.0479	0.2014	-31.2947	-22.6415	0.0316
2	1.0658	-0.3419	-0.1294	1.3125	-0.0999	0.914	0.0034	0.0708	-0.0614	-0.0431	-0.0024	-0.1739	0.0801	0.0352	-0.0082	0.261	0.0284	0.0156	0.2204	-0.0282	0.2777	-25.2308	-21.4308	21.3985
3	2.5534	-2.1395	-0.912	5.1073	1.3229	1.9559	-0.0901	0.0188	-0.3091	0.2778	0.0862	0.2617	0.2862	0.0152	0.0046	0.2157	-0.0454	-0.0118	0.2064	0.0367	0.2302	-41.4272	-27.8927	28.5566
4	3.402	0.357	0.6513	2.2402	0.4215	2.3911	-0.1192	-0.4815	0.1071	0.3394	-0.0325	0.0815	-0.043	-0.0061	0.1275	0.2821	0.0027	-0.0017	0.2351	0.0063	0.1472	-31.2753	15.6004	57.746
5	0.1226	-0.0569	0.4503	0.9252	-0.3296	1.6704	0.0508	-0.2248	0.1705	0.1766	-0.008	-0.1004	-0.152	0.037	-0.0387	0.1989	-0.0272	0.0266	0.1503	-0.0089	0.2996	-27.5237	20.611	45.6064
6	1.3099	0.1773	0.3071	2.031	0.1454	0.3432	0.009	0.0601	0.0006	-0.0292	0.0605	-0.2839	-0.0375	0.0582	-0.0629	0.1889	-0.017	0.0275	0.189	-0.0157	0.2037	-24.4193	12.2513	33.0656
7	2.3079	2.2452	0.9679	3.8263	1.2291	3.5586	-0.0465	-0.0184	0.0452	-0.2295	0.0605	0.0065	-0.2448	-0.1065	-0.0083	0.2202	0.0594	0.0108	0.2202	0.0413	0.2629	-41.4942	20.8487	29.2722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 75 )	A	4 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 317 )	A	76 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 318 through 374 )	A	318 - 374
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 75 )	B	4 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 76 through 138 )	B	76 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 139 through 317 )	B	139 - 317
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 318 through 374 )	B	318 - 374

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)