PDB-7xpt: Crystal structrue of MtdL:GDP:Mn soaked with GDP-Glc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xpt

タイトル

Crystal structrue of MtdL:GDP:Mn soaked with GDP-Glc

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / GDP-ALPHA-D-GLUCOSE / : / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xpt.cif.gz	314.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xpt.ent.gz	255.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xpt_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xpt_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7xpt_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	7xpt_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xprSC 7xpsC 7xpuC 7xpvC 8hl8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.275, 98.825, 58.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 41791.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-GDG / GDP-ALPHA-D-GLUCOSE / GDP-ALPHA-D-GLUCOSE / GDP-グルコ-ス分子量: 605.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 10% (w/v) PEG 4000, 10% (w/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→80.57 Å / Num. obs: 55455 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.73 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 352445 / Scaling rejects: 20

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.05	6.3	0.919	26413	4201	0.879	0.388	1	1.7	93.7
8.94-80.57	5.7	0.039	4039	708	0.998	0.017	0.043	30.6	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19_4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XPR

7xpr

解像度: 2→57.7 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	2756	5.01 %
R_work	0.2152	52212	-
obs	0.2174	54968	89.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.98 Å² / B_iso mean: 41.0174 Å² / B_iso min: 21.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→57.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5849	0	80	511	6440
B_iso mean	-	-	40.57	44.07	-
残基数	-	-	-	-	750

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3635	150	0.2876	2860	3010	99
2.03-2.05	0.354	53	0.3264	1117	1170	89
2.08-2.11	0.3797	93	0.2822	1944	2037	97
2.11-2.15	0.318	137	0.26	2924	3061	99
2.15-2.2	0.3224	132	0.2672	2874	3006	99
2.2-2.24	0.3528	103	0.2753	2100	2203	94
2.26-2.31	0.3433	116	0.2802	2291	2407	96
2.31-2.37	0.3358	165	0.2412	2847	3012	98
2.37-2.44	0.2974	152	0.2339	2878	3030	99
2.44-2.52	0.3212	151	0.2551	2865	3016	98
2.52-2.61	0.272	140	0.2492	2887	3027	99
2.61-2.71	0.2669	80	0.2552	1531	1611	52
2.71-2.84	0.3329	129	0.2377	2885	3014	98
2.84-2.99	0.2836	175	0.2403	2860	3035	99
2.99-3.17	0.2776	183	0.221	2857	3040	99
3.17-3.42	0.2407	180	0.2198	2845	3025	98
3.42-3.76	0.2478	139	0.1937	2873	3012	98
3.76-4.31	0.2078	177	0.1762	2880	3057	99
4.31-5.43	0.2116	158	0.1788	2904	3062	99
5.43-57.7	0.2242	143	0.1937	2990	3133	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7253	0.173	-0.0809	3.049	-0.9134	2.714	0.0317	0.4287	0.03	-0.4384	0.0579	-0.0434	0.0138	-0.0093	-0.108	0.2303	0.0008	0.0255	0.4618	-0.0066	0.2095	17.1749	38.7447	2.9934
2	1.4288	-0.0304	-0.0867	1.3314	-0.2469	0.6778	-0.0072	0.1063	0.2339	-0.0053	0.0318	-0.0292	-0.1253	-0.0113	-0.0274	0.1991	-0.0349	0.0096	0.352	0.0037	0.2364	14.0823	48.2705	22.5791
3	3.5646	1.4417	-1.5491	1.9109	-0.5954	3.8492	0.0415	-0.1462	-0.1836	-0.0044	0.0035	-0.1714	0.1355	0.2993	-0.0412	0.2365	0.0333	-0.0556	0.3923	0.002	0.3203	20.9722	30.2973	28.4689
4	0.5452	-0.8713	0.7272	2.9581	0.4663	2.7399	-0.5637	0.4504	-0.2704	-0.4662	0.3665	0.4555	0.3239	-0.548	0.2413	0.2976	-0.0326	0.0085	0.5804	-0.0527	0.258	50.5758	46.5469	4.4255
5	4.5878	1.0075	-0.9666	6.8084	0.2336	2.9855	0.0023	0.5901	-0.4061	-0.5175	0.069	-0.3651	0.4361	0.1011	-0.0613	0.3747	0.0225	-0.0122	0.4844	-0.0885	0.2311	60.3886	50.6053	0.7145
6	1.7882	-0.3798	-0.6541	6.4354	2.2106	3.3474	-0.084	0.6718	0.0726	-1.0536	-0.2234	0.1974	-0.4067	-0.2086	0.3476	0.4634	-0.1174	-0.067	0.655	0.0087	0.2675	57.7275	58.9209	-2.7273
7	1.4076	-0.9779	0.9337	7.1827	1.9734	4.5373	0.0459	0.2295	0.5135	-0.4884	-0.156	-0.1373	-0.3678	-0.1702	0.1434	0.2911	-0.0192	0.0103	0.3828	0.0443	0.3263	56.1526	63.5513	10.5253
8	2.5177	0.62	0.2543	1.5175	-0.6697	3.1151	0.0113	0.1671	-0.45	-0.1629	0.0663	0.0223	0.3218	-0.0336	-0.0726	0.2618	-0.0329	-0.0116	0.3576	-0.0513	0.4675	55.0981	41.0498	17.0426
9	2.0899	-0.1239	0.2484	2.0662	0.5434	0.7409	-0.0015	0.0112	-0.2955	-0.0072	0.0708	-0.0752	0.0935	0.013	-0.0743	0.2182	-0.0324	-0.035	0.3618	0.0292	0.3453	60.8668	47.0278	23.2484
10	5.7987	-1.4792	-1.1515	3.3853	2.1892	4.8502	0.3133	-0.3039	0.2856	0.1711	0.1266	-0.1834	0.126	0.0422	-0.4233	0.1938	-0.0206	-0.0606	0.2259	0.0169	0.2183	67.4785	56.4458	30.1129
11	8.4045	5.1989	3.4752	4.8321	3.101	2.6517	0.1973	-0.7044	0.1776	0.127	-0.278	0.4734	-0.0619	-0.9814	0.0935	0.2697	0.029	0.0151	0.6093	0.0311	0.3968	48.7646	61.9627	30.6015
12	2.1374	0.6119	1.7528	3.7626	0.0883	7.2341	-0.017	-0.2293	0.0799	-0.0379	0.0625	-0.0176	-0.241	-0.0927	-0.0817	0.1456	0.0003	0.0499	0.283	0.0152	0.2009	56.9689	66.6137	26.6228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 99 )	A	0 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 317 )	A	100 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 318 through 374 )	A	318 - 374
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 18 )	B	0 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 19 through 44 )	B	19 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 75 )	B	45 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 99 )	B	76 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 100 through 152 )	B	100 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 153 through 293 )	B	153 - 293
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 294 through 317 )	B	294 - 317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 318 through 342 )	B	318 - 342
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 343 through 374 )	B	343 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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