PDB-7xps: Crystal structrue of MtdL:GDP:Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xps

タイトル

Crystal structrue of MtdL:GDP:Mn

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xps.cif.gz	317.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xps.ent.gz	256.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xps_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xps_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7xps_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	7xps_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xprSC 7xptC 7xpuC 7xpvC 8hl8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.694, 162.243, 116.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-713- HOH
2	1	B-723- HOH

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 41791.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.6, 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→19.85 Å / Num. obs: 54465 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 723926 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.16	13.7	0.936	60842	4457	0.939	0.261	0.972	2.8	99.9
8.91-19.85	12	0.025	8478	707	1	0.007	0.026	55.8	89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XPR

7xpr

解像度: 2.1→19.85 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2674	2734	5.05 %
R_work	0.2235	51454	-
obs	0.2257	54188	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.69 Å² / B_iso mean: 33.051 Å² / B_iso min: 15.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→19.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5785	0	58	649	6492
B_iso mean	-	-	57.45	39.31	-
残基数	-	-	-	-	741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.4324	147	0.3089	2523	2670	100
2.14-2.17	0.3097	160	0.2748	2539	2699	99
2.17-2.22	0.3212	138	0.2827	2546	2684	100
2.22-2.26	0.4756	129	0.332	2557	2686	99
2.26-2.31	0.3006	136	0.2654	2550	2686	99
2.31-2.36	0.2725	148	0.2424	2550	2698	99
2.36-2.42	0.2926	138	0.2412	2573	2711	99
2.42-2.49	0.2922	134	0.2387	2484	2618	98
2.49-2.56	0.2905	126	0.2344	2579	2705	99
2.56-2.64	0.31	137	0.2242	2565	2702	100
2.64-2.74	0.2923	127	0.2255	2574	2701	99
2.74-2.85	0.3021	132	0.2163	2570	2702	99
2.85-2.98	0.2699	136	0.2218	2581	2717	99
2.98-3.13	0.2649	147	0.2137	2570	2717	99
3.13-3.33	0.2679	115	0.2148	2566	2681	98
3.33-3.59	0.2643	114	0.2061	2625	2739	100
3.59-3.94	0.225	165	0.1997	2579	2744	99
3.94-4.51	0.1916	133	0.1943	2613	2746	99
4.51-5.66	0.245	144	0.2034	2611	2755	99
5.66-19.85	0.2419	128	0.2151	2699	2827	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2921	0.1995	-0.3211	1.8995	-0.1076	0.5337	0.0168	-0.008	-0.0319	-0.0122	0.0353	-0.2173	0.0517	0.0251	-0.0525	0.2187	0.014	-0.0088	0.1989	-0.0066	0.1817	20.5409	-13.7061	-32.7739
2	4.0106	0.2678	0.506	2.7624	0.3451	4.1512	0.1704	-0.719	-0.24	0.6389	-0.1666	-0.0466	0.2234	0.0242	0.0062	0.4415	-0.0374	-0.0126	0.3507	-0.0085	0.2105	17.6273	23.044	0.043
3	1.8183	0.0201	-0.7124	1.449	0.1727	1.9053	0.0116	-0.2376	-0.0103	0.2926	0.0189	-0.1109	-0.0198	0.1	-0.0349	0.2851	-0.0204	-0.0477	0.2185	-0.0138	0.2672	23.806	26.0147	-15.0917
4	1.2991	0.1717	0.0493	1.5971	0.0582	0.5912	0.0208	0.0102	0.0409	-0.0009	0.0225	-0.0527	-0.0326	0.0214	-0.0448	0.2642	-0.0169	0.0105	0.2192	-0.0075	0.2355	19.7125	21.3651	-25.3042
5	1.8243	-0.2234	0.4837	1.7105	-0.1375	1.3242	0.0561	0.3889	0.0135	-0.4518	-0.0335	-0.1689	0.1044	0.0715	-0.0195	0.3047	0.01	0.052	0.2292	-0.0049	0.2035	19.4594	-17.7492	-52.3372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 139 through 374 )	B	139 - 374
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 4 through 75 )	A	4 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 152 )	A	76 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 153 through 374 )	A	153 - 374
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 138 )	B	5 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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