PDB-7xpr: Crystal structrue of SeMet-MtdL:GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xpr

タイトル

Crystal structrue of SeMet-MtdL:GDP

要素

Transglycosylse

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Transglycosylse

機能・相同性情報

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Li, F.D. / He, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of the NDP-pyranose mutase belonging to glycosyltransferase family 75 reveal residues important for Mn 2+ coordination and substrate binding.
著者: Du, X. / Chu, X. / Liu, N. / Jia, X. / Peng, H. / Xiao, Y. / Liu, L. / Yu, H. / Li, F. / He, C.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xpr.cif.gz	305.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xpr.ent.gz	251.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xpr_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xpr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7xpr_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	7xpr_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xpsC 7xptC 7xpuC 7xpvC 8hl8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transglycosylse

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

A: Transglycosylse

ヘテロ分子

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

B: Transglycosylse

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.213, 97.483, 57.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.320, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transglycosylse 分子量: 42120.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8HX37
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, pH 5.0, 10% (w/v) PEG6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→83.373 Å / Num. all: 51416 / Num. obs: 51416 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.11 Å² / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.136 / R_sym value: 0.112 / Net I/av σ(I): 5.7 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 353130

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	6.5	0.825	0.9	48183	7407	0.38	0.982	0.825	2.2	98.2
2.21-2.35	7.1	0.627	1.2	50664	7097	0.269	0.73	0.627	3.2	98.8
2.35-2.51	7.1	0.401	1.9	47472	6690	0.175	0.472	0.401	4.5	99
2.51-2.71	6.9	0.263	2.9	42908	6230	0.119	0.314	0.263	6.3	99
2.71-2.97	6.7	0.167	4.5	38151	5671	0.077	0.202	0.167	9.1	98.5
2.97-3.32	7.2	0.111	6.5	37261	5206	0.05	0.134	0.111	13.9	99.5
3.32-3.83	6.9	0.072	9.2	31798	4622	0.033	0.088	0.072	20.2	99.5
3.83-4.7	6.6	0.054	11.3	25597	3864	0.026	0.067	0.054	25.5	98.6
4.7-6.64	6.9	0.051	11	20825	3036	0.025	0.067	0.051	26.8	99.6
6.64-19.77	6.4	0.045	10.9	10271	1593	0.023	0.059	0.045	29.6	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.77 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	2682	5.22 %
R_work	0.2106	48722	-
obs	0.2123	51404	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.72 Å² / B_iso mean: 41.2707 Å² / B_iso min: 16.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→19.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5778	0	56	418	6252
B_iso mean	-	-	68.32	40.64	-
残基数	-	-	-	-	742

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.3584	153	0.3092	2513	2666	98
2.14-2.18	0.386	132	0.2909	2520	2652	98
2.18-2.22	0.2944	126	0.2782	2590	2716	98
2.22-2.27	0.3375	136	0.2753	2534	2670	98
2.27-2.32	0.2924	124	0.2539	2595	2719	99
2.32-2.38	0.2683	128	0.2377	2535	2663	98
2.38-2.45	0.2873	142	0.2409	2548	2690	99
2.45-2.52	0.2927	155	0.2489	2588	2743	99
2.52-2.6	0.287	126	0.2376	2524	2650	99
2.6-2.69	0.2643	151	0.2343	2581	2732	99
2.69-2.8	0.2803	153	0.2305	2518	2671	97
2.8-2.93	0.2694	151	0.2253	2563	2714	99
2.93-3.08	0.2316	131	0.2121	2597	2728	99
3.08-3.27	0.247	146	0.203	2588	2734	99
3.27-3.52	0.1903	143	0.1936	2579	2722	99
3.52-3.88	0.2383	146	0.1825	2582	2728	99
3.88-4.43	0.213	151	0.1786	2557	2708	98
4.43-5.56	0.1965	143	0.1786	2607	2750	99
5.56-19.77	0.2177	145	0.1954	2603	2748	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5302	0.3734	0.3149	1.9431	-0.6941	1.7953	-0.1352	1.2446	-0.156	-1.0078	0.1249	-0.1555	0.136	-0.1748	-0.0231	0.5269	-0.0544	0.0172	0.7405	-0.0178	0.2459	16.0425	37.8229	2.3875
2	2.4447	0.284	-0.1941	1.9074	-0.1868	0.8561	-0.02	0.1768	0.4082	-0.0776	0.0599	-0.1089	-0.0477	0.0112	-0.0478	0.1911	-0.0259	0.0146	0.2471	0.0214	0.2082	15.4468	48.8857	21.8408
3	2.0387	-0.4259	-0.1256	1.1127	-0.3087	0.5764	-0.0421	0.0038	-0.0901	0.0096	0.0293	-0.1763	0.0702	0.0408	0.0146	0.2662	-0.0159	-0.0035	0.2898	-0.0436	0.1989	15.4607	36.1121	26.4292
4	3.0078	-0.6782	-0.0398	2.4525	0.4334	3.2324	-0.0804	0.8281	0.1151	-0.8708	0.0626	-0.0171	0.0071	0.2041	0.0358	0.4302	-0.0739	-0.0205	0.4374	0.0147	0.2156	57.7334	55.8993	2.2135
5	2.4873	0.5519	0.1954	1.9457	0.1479	0.8882	0.0186	0.0368	-0.4619	-0.0583	0.1069	0.0691	0.0857	-0.029	-0.0971	0.1711	-0.0216	-0.0423	0.2065	0.0108	0.3358	58.4737	44.8773	21.8054
6	1.6943	-0.2678	0.1682	1.336	0.338	1.0989	0.0127	-0.1103	-0.0862	0.0356	0.0584	0.0698	-0.0803	-0.1148	-0.0601	0.2057	-0.0053	0.0058	0.2296	0.0715	0.2803	58.3224	57.6244	26.3614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 97 )	A	4 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 273 )	A	98 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 274 through 374 )	A	274 - 374
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 97 )	B	4 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 98 through 273 )	B	98 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 274 through 374 )	B	274 - 374

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