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万見
- PDB-7xoz: Crystal structure of RPPT-TIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xoz
タイトルCrystal structure of RPPT-TIR
要素(ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase) x 2
キーワードHYDROLASE / NLR / Plant Protein / Plant immune signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / defense response / ADP binding / signal transduction / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat ...Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Song, W. / Jia, A. / Huang, S. / Chai, J.
資金援助 ドイツ, 中国, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: TIR-catalyzed ADP-ribosylation reactions produce signaling molecules for plant immunity.
著者: Aolin Jia / Shijia Huang / Wen Song / Junli Wang / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Jiao Hou / Tiantian Zhang / Wenquan Yu / Giuliana Hessler / Ertong ...著者: Aolin Jia / Shijia Huang / Wen Song / Junli Wang / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Jiao Hou / Tiantian Zhang / Wenquan Yu / Giuliana Hessler / Ertong Li / Shoucai Ma / Dongli Yu / Jan Gebauer / Ulrich Baumann / Xiaohui Liu / Zhifu Han / Junbiao Chang / Jane E Parker / Jijie Chai /
要旨: Plant pathogen-activated immune signaling by nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain converges on Enhanced Disease ...Plant pathogen-activated immune signaling by nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain converges on Enhanced Disease Susceptibility 1 (EDS1) and its direct partners, Phytoalexin Deficient 4 (PAD4) or Senescence-Associated Gene 101 (SAG101). TIR-encoded nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) produces signaling molecules to promote exclusive EDS1-PAD4 and EDS1-SAG101 interactions with helper NLR subclasses. In this work, we show that TIR-containing proteins catalyze adenosine diphosphate (ADP)-ribosylation of adenosine triphosphate (ATP) and ADP ribose (ADPR) through ADPR polymerase-like and NADase activity, forming ADP-ribosylated ATP (ADPr-ATP) and ADPr-ADPR (di-ADPR), respectively. Specific binding of ADPr-ATP or di-ADPR allosterically promotes EDS1-SAG101 interaction with helper NLR N requirement gene 1A (NRG1A) in vitro and in planta. Our data reveal an enzymatic activity of TIRs that enables specific activation of the EDS1-SAG101-NRG1 immunity branch.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
E: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
F: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8866
ポリマ－75,7674
非ポリマー1,1192
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.799, 81.133, 70.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase


分子量: 18936.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AN1_LOCUS14779
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A654FE24, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase


分子量: 18946.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AN1_LOCUS14764
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A654FCP3
#3: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 % w/v polyethylene glycol 3000 (PEG3000), 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→39.12 Å / Num. obs: 24611 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 49.84 Å2 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / Num. unique obs: 2370 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4478精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CRC

7crc


解像度: 2.52→39.12 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 1225 5.02 %
Rwork0.2575 --
obs0.2595 24380 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 0 72 42 5266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.422036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.620.40921290.38842380X-RAY DIFFRACTION92
2.62-2.740.42881360.3592541X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.890.39561370.35322588X-RAY DIFFRACTION99
2.89-3.070.36821370.32862611X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.30.32621360.26812575X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.640.30411420.25252605X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.160.23531350.21372610X-RAY DIFFRACTION99
4.16-5.240.23911320.2022600X-RAY DIFFRACTION100
5.24-39.120.28031410.2432645X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2203-0.48480.13732.1229-0.22873.28570.13880.1541-0.2217-0.15270.0120.15470.0404-0.1790.01890.3083-0.0703-0.01240.21980.07490.3244-25.7461.17339.448
22.91280.75550.25691.8212-0.25421.63720.0861-0.4045-0.01990.0325-0.0946-0.16790.16740.3676-0.00010.5102-0.0628-0.04750.85340.09480.5675-34.9791.217.087
32.8529-0.5966-0.10943.1027-0.59083.59580.1574-0.5738-0.05080.14020.1693-0.1406-0.00190.15070.74510.2565-0.081-0.00730.16390.09430.16410.2280.9946.111
42.420.04180.82633.258-0.07732.17030.2623-0.0735-0.32870.2582-0.1031-0.00820.07340.3110.01510.4364-0.075-0.0490.60960.08790.4228.3751.2440.749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:166 )A2 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:166 )B2 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN E AND RESID 4:166 )E4 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 4:166 )F4 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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