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- EMDB-33233: Cryo-EM structure of EDS1 and SAG101 with ATP-APDR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33233
タイトルCryo-EM structure of EDS1 and SAG101 with ATP-APDR
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Senescence-associated carboxylesterase 101
  • リガンド: ISOPROPYL ALCOHOL
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードNLR / Plant Protein / Plant immune signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to oomycetes / positive regulation of leaf senescence / aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium ...positive regulation of defense response to oomycetes / positive regulation of leaf senescence / aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium / lipase activity / carboxylesterase / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / carboxylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / lipid catabolic process / positive regulation of defense response to virus by host / chloroplast / lipid metabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Senescence-associated carboxylesterase 101-like / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Senescence-associated carboxylesterase 101 / Protein EDS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Huang SJ / Jia AL / Han ZF / Chai JJ
資金援助 中国, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: TIR-catalyzed ADP-ribosylation reactions produce signaling molecules for plant immunity.
著者: Aolin Jia / Shijia Huang / Wen Song / Junli Wang / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Jiao Hou / Tiantian Zhang / Wenquan Yu / Giuliana Hessler / Ertong ...著者: Aolin Jia / Shijia Huang / Wen Song / Junli Wang / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Jiao Hou / Tiantian Zhang / Wenquan Yu / Giuliana Hessler / Ertong Li / Shoucai Ma / Dongli Yu / Jan Gebauer / Ulrich Baumann / Xiaohui Liu / Zhifu Han / Junbiao Chang / Jane E Parker / Jijie Chai /
要旨: Plant pathogen-activated immune signaling by nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain converges on Enhanced Disease ...Plant pathogen-activated immune signaling by nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain converges on Enhanced Disease Susceptibility 1 (EDS1) and its direct partners, Phytoalexin Deficient 4 (PAD4) or Senescence-Associated Gene 101 (SAG101). TIR-encoded nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) produces signaling molecules to promote exclusive EDS1-PAD4 and EDS1-SAG101 interactions with helper NLR subclasses. In this work, we show that TIR-containing proteins catalyze adenosine diphosphate (ADP)-ribosylation of adenosine triphosphate (ATP) and ADP ribose (ADPR) through ADPR polymerase-like and NADase activity, forming ADP-ribosylated ATP (ADPr-ATP) and ADPr-ADPR (di-ADPR), respectively. Specific binding of ADPr-ATP or di-ADPR allosterically promotes EDS1-SAG101 interaction with helper NLR N requirement gene 1A (NRG1A) in vitro and in planta. Our data reveal an enzymatic activity of TIRs that enables specific activation of the EDS1-SAG101-NRG1 immunity branch.
履歴
登録2022年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.8 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.8 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.033766057 - 0.06498281
平均 (標準偏差)0.00008654378 (±0.0014127793)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 259.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33233_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33233_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR

全体名称: Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR
要素
  • 複合体: Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Senescence-associated carboxylesterase 101
  • リガンド: ISOPROPYL ALCOHOL
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR

超分子名称: Binary complex of EDS1 and SAG101 with molecule ATP-ADPR
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)

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分子 #1: Protein EDS1

分子名称: Protein EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
分子量理論値: 71.784195 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ...文字列:
MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ALGREKWSRF FVNFVSRFDI VPRIMLARKA SVEETLPHVL AQLDPRKSSV QESEQRITEF YTRVMRDTST VA NQAVCEL TGSAEAFLET LSSFLELSPY RPAGTFVFST EKRLVAVNNS DAILQMLFYT SQASDEQEWS LIPFRSIRDH HSY EELVQS MGKKLFNHLD GENSIESTLN DLGVSTRGRQ YVQAALEEEK KRVENQKKII QVIEQERFLK KLAWIEDEYK PKCQ AHKNG YYDSFKVSNE ENDFKANVKR AELAGVFDEV LGLMKKCQLP DEFEGDIDWI KLATRYRRLV EPLDIANYHR HLKNE DTGP YMKRGRPTRY IYAQRGYEHY ILKPNGMIAE DVFWNKVNGL NLGLQLEEIQ ETLKNSGSEC GSCFWAEVEE LKGKPY EEV EVRVKTLEGM LGEWITDGEV DDKEIFLEGS TFRKWWITLP KNHKSHSPLR DYMMDEITDT

UniProtKB: Protein EDS1

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分子 #2: Senescence-associated carboxylesterase 101

分子名称: Senescence-associated carboxylesterase 101 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carboxylesterase
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
分子量理論値: 62.153391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MESSSSLKGS ALGKLVVTSG LLHSSWSKIL EIHNPPYSNH DPGLQVSKKK KDSGLEFQIH REEKFTLVVF SAPPICRSSS SDSTLLHVK DKENPFPFLC SENNPSFSLH TPAFNLFTSA STSLTYLKSE LLQTLKSEKP VIITGAALGG SVASLYTLWL L ETIEPTLK ...文字列:
MESSSSLKGS ALGKLVVTSG LLHSSWSKIL EIHNPPYSNH DPGLQVSKKK KDSGLEFQIH REEKFTLVVF SAPPICRSSS SDSTLLHVK DKENPFPFLC SENNPSFSLH TPAFNLFTSA STSLTYLKSE LLQTLKSEKP VIITGAALGG SVASLYTLWL L ETIEPTLK RPLCITFGSP LIGDASLQQI LENSVRNSCF LHVVSAQTRI KMDFFKPFGT FLICFDSGCV CIEDHVAVTE LL NGVHDSG LVDYSQVLNR LDQSMLSLAD SRLIPEDVIK GIEKRAEMKN LRFDMMFKKL NDMKISMAYI EWYKKKCKEV KIG YYDRFK TQLAFPSKEF DINIKNHHKS ELNRFWKSVV EEVERRPQSD ASILKRRFLF SGNNYRRMIE PLDIAEYYLE GRKE YRTTG RSHHYVMLEK WFGMESILIE KERCKKRDLS DLLTFDSCFW AEVEDSLIVI NQLNTTVGMR DDVREVLTRK LVEFE GYVW EIITKREVSP EIFLEESSFM KWWKEYKKIK GFNSSYLTEF MNTRKYESYG KSQ

UniProtKB: Senescence-associated carboxylesterase 101

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分子 #3: ISOPROPYL ALCOHOL

分子名称: ISOPROPYL ALCOHOL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: IPA
分子量理論値: 60.095 Da
Chemical component information

ChemComp-IPA:
ISOPROPYL ALCOHOL / 2-プロパノ-ル / alkaloid*YM

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分子 #4: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

分子名称: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: APR
分子量理論値: 559.316 Da
Chemical component information

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 652337
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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