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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xnv | |||||||||
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タイトル | Structurally hetero-junctional human Cx36/GJD2 gap junction channel in soybean lipids (C6 symmetry) | |||||||||
要素 | Gap junction delta-2 protein | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Connexin 36 / Cx36 / Gap Junction Channel / GJD2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, S.N. / Cho, H.J. / Jeong, H. / Ryu, B. / Lee, H.J. / Lee, H.H. / Woo, J.S. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of human Cx36/GJD2 neuronal gap junction channel. 著者: Seu-Na Lee / Hwa-Jin Cho / Hyeongseop Jeong / Bumhan Ryu / Hyuk-Joon Lee / Minsoo Kim / Jejoong Yoo / Jae-Sung Woo / Hyung Ho Lee / 要旨: Connexin 36 (Cx36) is responsible for signal transmission in electrical synapses by forming interneuronal gap junctions. Despite the critical role of Cx36 in normal brain function, the molecular ...Connexin 36 (Cx36) is responsible for signal transmission in electrical synapses by forming interneuronal gap junctions. Despite the critical role of Cx36 in normal brain function, the molecular architecture of the Cx36 gap junction channel (GJC) is unknown. Here, we determine cryo-electron microscopy structures of Cx36 GJC at 2.2-3.6 Å resolutions, revealing a dynamic equilibrium between its closed and open states. In the closed state, channel pores are obstructed by lipids, while N-terminal helices (NTHs) are excluded from the pore. In the open state with pore-lining NTHs, the pore is more acidic than those in Cx26 and Cx46/50 GJCs, explaining its strong cation selectivity. The conformational change during channel opening also includes the α-to-π-helix transition of the first transmembrane helix, which weakens the protomer-protomer interaction. Our structural analyses provide high resolution information on the conformational flexibility of Cx36 GJC and suggest a potential role of lipids in the channel gating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xnv.cif.gz | 441.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xnv.ent.gz | 345.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xnv_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xnv_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xnv_validation.xml.gz | 80.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xnv_validation.cif.gz | 104.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33327MC 7xkiC 7xkkC 7xktC 7xl8C 7xnhC 8hkpC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37413.137 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJD2, GJA9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKL4 #2: 化合物 | ChemComp-MC3 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cx36 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14155 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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