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- PDB-7xnm: Structure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xnm
タイトルStructure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex
要素
  • Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
  • ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / A serine protease subfamily / diabetes mellitus type 2
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / dipeptidyl-peptidase activity / anchoring junction / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / aminopeptidase activity ...Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / dipeptidyl-peptidase activity / anchoring junction / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / aminopeptidase activity / T cell costimulation / lamellipodium / protease binding / 細胞接着 / 脂質ラフト / apical plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
Crassostrea gigas (マガキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Li, W.Y. / Cao, M.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex
著者: Li, W.Y. / Cao, M.J.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
B: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
C: ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG
D: ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,40914
ポリマ－170,4504
非ポリマー3,95910
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area58340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)257.340, 75.617, 121.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.199, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 4 soluble form / Dipeptidyl peptidase IV soluble form


分子量: 84429.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P22411, DPP-4
#2: タンパク質・ペプチド ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG


分子量: 795.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Crassostrea gigas (マガキ)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日 / 詳細: silicon crystal (111) monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.575→29.48 Å / Num. obs: 26023 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 63.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.57547→3.6 Å / Num. unique obs: 168262 / CC1/2: 0.717

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wcy

1wcy


解像度: 3.58→29.48 Å / SU ML: 0.4639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.6163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2989 1999 7.68 %
Rwork0.2232 24024 -
obs0.2289 26023 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11967 0 260 0 12227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003712577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.675817117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05831858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.00081757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.58-3.660.34291260.27021524X-RAY DIFFRACTION90.07
3.66-3.760.34731410.27861679X-RAY DIFFRACTION98.11
3.76-3.870.31561440.25991728X-RAY DIFFRACTION99.42
3.87-40.34051420.25391713X-RAY DIFFRACTION99.3
4-4.140.30611400.22791685X-RAY DIFFRACTION99.73
4.14-4.310.28231450.21671729X-RAY DIFFRACTION99.89
4.31-4.50.30331440.20091746X-RAY DIFFRACTION99.95
4.5-4.740.25371430.18651718X-RAY DIFFRACTION99.84
4.74-5.030.29141430.19991722X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.420.28991440.19951734X-RAY DIFFRACTION99.95
5.42-5.960.28281450.22431735X-RAY DIFFRACTION100
5.96-6.810.2921460.23311758X-RAY DIFFRACTION99.95
6.82-8.550.31941460.22211747X-RAY DIFFRACTION99.84
8.55-29.480.28281500.21391806X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.6352358714 Å / Origin y: 37.805535237 Å / Origin z: -8.16251610597 Å
111213212223313233
T0.440650357845 Å2-0.00415080318807 Å2-0.0525055871886 Å2-0.507450947578 Å20.0289035790452 Å2--0.516702095874 Å2
L1.14373956009 °2-0.0963567546525 °2-0.142959244948 °2-0.270725731332 °2-0.0210431725296 °2--0.890599528764 °2
S0.0219534883266 Å °0.288167066748 Å °-0.0407619400165 Å °-0.0365057684087 Å °-0.0401515125922 Å °0.0103969244668 Å °-0.0354241064583 Å °-0.186632531256 Å °0.0132919343489 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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