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- PDB-7xn9: Crystal structure of SSTR2 and L-054,522 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xn9
タイトルCrystal structure of SSTR2 and L-054,522 complex
要素Somatostatin receptor type 2,Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードSIGNARING PROTEIN/INHIBITOR / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / somatostatin receptor 2 / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SIGNALING PROTEIN / SIGNARING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor activity / 蠕動 / neuropeptide binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / response to starvation / xylan catabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway ...somatostatin receptor activity / 蠕動 / neuropeptide binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / response to starvation / xylan catabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / forebrain development / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cerebellum development / Peptide ligand-binding receptors / cellular response to estradiol stimulus / PDZ domain binding / G alpha (i) signalling events / 精子形成 / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. ...Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GI9 / キシラナーゼ / Somatostatin receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Niallia circulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, W. / Han, S. / Qiu, N. / Feng, W. / Lu, M. / Yang, D. / Wang, M.-W. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32161133011 中国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)82121005 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872915 中国
National Science Foundation (NSF, China)82073904 中国
National Science Foundation (NSF, China)81773792 中国
National Science Foundation (NSF, China)81973373 中国
National Science Foundation (NSF, China)21704064 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Structural insights into ligand recognition and selectivity of somatostatin receptors.
著者: Wenli Zhao / Shuo Han / Na Qiu / Wenbo Feng / Mengjie Lu / Wenru Zhang / Mu Wang / Qingtong Zhou / Shutian Chen / Wei Xu / Juan Du / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Antao Dai / Liaoyuan Hu / ...著者: Wenli Zhao / Shuo Han / Na Qiu / Wenbo Feng / Mengjie Lu / Wenru Zhang / Mu Wang / Qingtong Zhou / Shutian Chen / Wei Xu / Juan Du / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Antao Dai / Liaoyuan Hu / Michelle Y Shen / Yaping Sun / Qing Zhang / Yingli Ma / Wenge Zhong / Dehua Yang / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: Somatostatin receptors (SSTRs) play versatile roles in inhibiting the secretion of multiple hormones such as growth hormone and thyroid-stimulating hormone, and thus are considered as targets for ...Somatostatin receptors (SSTRs) play versatile roles in inhibiting the secretion of multiple hormones such as growth hormone and thyroid-stimulating hormone, and thus are considered as targets for treating multiple tumors. Despite great progress made in therapeutic development against this diverse receptor family, drugs that target SSTRs still show limited efficacy with preferential binding affinity and conspicuous side-effects. Here, we report five structures of SSTR2 and SSTR4 in different states, including two crystal structures of SSTR2 in complex with a selective peptide antagonist and a non-peptide agonist, respectively, a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of G-bound SSTR2 in the presence of the endogenous ligand SST-14, as well as two cryo-EM structures of G-bound SSTR4 in complex with SST-14 and a small-molecule agonist J-2156, respectively. By comparison of the SSTR structures in different states, molecular mechanisms of agonism and antagonism were illustrated. Together with computational and functional analyses, the key determinants responsible for ligand recognition and selectivity of different SSTR subtypes and multiform binding modes of peptide and non-peptide ligands were identified. Insights gained in this study will help uncover ligand selectivity of various SSTRs and accelerate the development of new molecules with better efficacy by targeting SSTRs.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Somatostatin receptor type 2,Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9423
ポリマ－66,0581
非ポリマー8842
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area22120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.520, 97.957, 170.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Somatostatin receptor type 2,Endo-1,4-beta-xylanase / SS-2-R / SS2-R / SS2R / SRIF-1 / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase


分子量: 66058.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fusion protein of SSTR2 and Endo-1,4-beta-xylanase
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Niallia circulans (バクテリア)
遺伝子: SSTR2, xlnA / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫)
参照: UniProt: P30874, UniProt: P09850, キシラナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GI9 / tert-butyl (2S)-6-azanyl-2-[[(2R,3S)-3-(1H-indol-3-yl)-2-[[4-(2-oxidanylidene-3H-benzimidazol-1-yl)piperidin-1-yl]carbonylamino]butanoyl]amino]hexanoate / L-054,52


分子量: 645.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H47N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100-400 mM lithium nitrate, 6-10% PEG2000, 100 mM L-054,522, and 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37.26 Å / Num. obs: 19455 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 1875 / CC1/2: 0.755

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N6H

4n6h


解像度: 2.6→37.26 Å / SU ML: 0.3506 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.2249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 987 5.07 %
Rwork0.2126 18462 -
obs0.2153 19449 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 0 62 0 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01293899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10775330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.76191318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.31091570.25132518X-RAY DIFFRACTION97.27
2.74-2.910.30621490.23532606X-RAY DIFFRACTION99.17
2.91-3.130.31191460.21832608X-RAY DIFFRACTION99.71
3.13-3.450.31241290.22482641X-RAY DIFFRACTION99.89
3.45-3.950.26341390.21652642X-RAY DIFFRACTION99.82
3.95-4.970.25471310.20782675X-RAY DIFFRACTION99.75
4.97-37.260.23431360.19992772X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.2653442 Å / Origin y: 35.3038965762 Å / Origin z: 25.1864363393 Å
111213212223313233
T0.402664134967 Å20.0118256096329 Å20.00183707199482 Å2-0.431862106659 Å20.0241529093601 Å2--0.410214393369 Å2
L0.233032827763 °20.31432794334 °2-0.0315366460532 °2-1.41073602715 °20.50168810066 °2--0.0624327924596 °2
S-0.0690033691037 Å °-0.0300638912847 Å °0.0214469442884 Å °-0.268610119641 Å °0.00741832138349 Å °0.107656804168 Å °-0.0539248951568 Å °-0.027865071983 Å °0.0633178588147 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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