[日本語] English
万見
- PDB-7xmr: CryoEM structure of the somatostatin receptor 2 (SSTR2) in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xmr
タイトルCryoEM structure of the somatostatin receptor 2 (SSTR2) in complex with Gi1 and its endogeneous peptide ligand SST-14
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
  • Somatostatin receptor type 2
  • Somatostatin-14
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / somatostatin receptor 2 / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin signaling pathway / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / somatostatin receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / peristalsis / hyperosmotic response / neuropeptide binding / response to acidic pH / response to steroid hormone / cellular response to glucocorticoid stimulus ...somatostatin signaling pathway / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / somatostatin receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / peristalsis / hyperosmotic response / neuropeptide binding / response to acidic pH / response to steroid hormone / cellular response to glucocorticoid stimulus / response to starvation / neuronal dense core vesicle / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / response to amino acid / neuropeptide signaling pathway / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / forebrain development / D2 dopamine receptor binding / digestion / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / response to nutrient / cellular response to forskolin / cerebellum development / regulation of mitotic spindle organization / regulation of cell migration / Peptide ligand-binding receptors / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / Regulation of insulin secretion / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / cell-cell signaling / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / spermatogenesis / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Somatostatin / Somatostatin/Cortistatin, C-terminal / Somatostatin/Cortistatin family / Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit ...Somatostatin / Somatostatin/Cortistatin, C-terminal / Somatostatin/Cortistatin family / Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatostatin receptor type 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Somatostatin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wenli, Z. / Shuo, H. / Na, Q. / Wenbo, Z. / Mengjie, L. / Dehua, Y. / Ming-Wei, W. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32161133011 中国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)82121005 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872915 中国
National Science Foundation (NSF, China)82073904 中国
National Science Foundation (NSF, China)81773792 中国
National Science Foundation (NSF, China)81973373 中国
National Science Foundation (NSF, China)21704064 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Structural insights into ligand recognition and selectivity of somatostatin receptors.
著者: Wenli Zhao / Shuo Han / Na Qiu / Wenbo Feng / Mengjie Lu / Wenru Zhang / Mu Wang / Qingtong Zhou / Shutian Chen / Wei Xu / Juan Du / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Antao Dai / Liaoyuan Hu / ...著者: Wenli Zhao / Shuo Han / Na Qiu / Wenbo Feng / Mengjie Lu / Wenru Zhang / Mu Wang / Qingtong Zhou / Shutian Chen / Wei Xu / Juan Du / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Antao Dai / Liaoyuan Hu / Michelle Y Shen / Yaping Sun / Qing Zhang / Yingli Ma / Wenge Zhong / Dehua Yang / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: Somatostatin receptors (SSTRs) play versatile roles in inhibiting the secretion of multiple hormones such as growth hormone and thyroid-stimulating hormone, and thus are considered as targets for ...Somatostatin receptors (SSTRs) play versatile roles in inhibiting the secretion of multiple hormones such as growth hormone and thyroid-stimulating hormone, and thus are considered as targets for treating multiple tumors. Despite great progress made in therapeutic development against this diverse receptor family, drugs that target SSTRs still show limited efficacy with preferential binding affinity and conspicuous side-effects. Here, we report five structures of SSTR2 and SSTR4 in different states, including two crystal structures of SSTR2 in complex with a selective peptide antagonist and a non-peptide agonist, respectively, a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of G-bound SSTR2 in the presence of the endogenous ligand SST-14, as well as two cryo-EM structures of G-bound SSTR4 in complex with SST-14 and a small-molecule agonist J-2156, respectively. By comparison of the SSTR structures in different states, molecular mechanisms of agonism and antagonism were illustrated. Together with computational and functional analyses, the key determinants responsible for ligand recognition and selectivity of different SSTR subtypes and multiform binding modes of peptide and non-peptide ligands were identified. Insights gained in this study will help uncover ligand selectivity of various SSTRs and accelerate the development of new molecules with better efficacy by targeting SSTRs.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: Somatostatin receptor type 2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
L: Somatostatin-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9915
ポリマ－133,9915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Somatostatin receptor type 2 / SS-2-R / SS2-R / SS2R / SRIF-1


分子量: 45308.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSTR2 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P30874
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40435.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P63096
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P62873
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P59768
#5: タンパク質・ペプチド Somatostatin-14 / SST14


分子量: 1641.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61278
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex structure of the somatostatin receptor 2 (SSTR2) in complex with Gi1 and its endogeneous peptide ligand SST-14
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: NICKEL/TITANIUM
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 696255 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00116754
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.34489193
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03591085
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00231148
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.69983944

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る