PDB-7xmj: Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xmj

タイトル

Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan esterase

要素

Acetylxylan esterase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / carbohydrate esterase / carbohydrate esterase family 7 / acetyl xylan esterase

機能・相同性

Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / Alpha/Beta hydrolase fold / Acetylxylan esterase

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41066763497 Å

データ登録者

Jiang, Z.Q. / Ma, J.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan esterase
著者: Jiang, Z.Q. / Ma, J.W.

履歴

登録	2022年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2023年11月8日	ID: 7CUZ
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Advisory / Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xmj.cif.gz	595.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xmj.ent.gz	410.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fcyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylxylan esterase

B: Acetylxylan esterase

C: Acetylxylan esterase

D: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylxylan esterase

C: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetylxylan esterase

D: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.714, 147.714, 135.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 8 - 308 / Label seq-ID: 8 - 308

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and (resid 8:10 or (resid 11 and (name...	A	A
2	2	(chain 'B' and (resid 8:10 or (resid 11 and (name...	B	B
3	3	(chain 'C' and (resid 8:17 or (resid 18 and (name...	C	C
4	4	(chain 'D' and (resid 8:10 or (resid 11 and (name...	D	D

#1: タンパク質	Acetylxylan esterase 分子量: 35811.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain KF147) (乳酸菌) 遺伝子: axe, LLKF_1447 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A9QSE8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2M ammonium sulfate, 0.075M MES monohydrate pH 6.5, 7.5% (v/v) 1,4-Dioxane, 25% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→35.48 Å / Num. obs: 64479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 48.835415836 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 6.85→49.9146 Å / R_merge(I) obs: 0.287 / Num. unique obs: 2736

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		モデル構築
PHENIX	dev_2474	精密化
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FCY

3fcy

解像度: 2.41066763497→35.4797551667 Å / SU ML: 0.346198931596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37664785009 / 位相誤差: 28.9491788545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.280243235644	3205	4.97076476883 %
R_work	0.248068546542	61272	-
obs	0.249672053675	64477	99.8173233222 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.5813405969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41066763497→35.4797551667 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9756	0	3	302	10061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00272409084217	10018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634079493924	13600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452053703383	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00426406320412	1745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0828314823	5856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4107-2.4466	0.304646549212	133	0.299685397604	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.6091298146
2.4466-2.4849	0.360438002877	108	0.289694862774	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.9639119451
2.4849-2.5256	0.28017417813	138	0.289280697215	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.9281092739
2.5256-2.5691	0.304596481369	137	0.285260012423	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.894625922
2.5691-2.6158	0.327568009973	160	0.287960137283	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.8912649511
2.6158-2.6661	0.355863073701	126	0.291837789443	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.6806245564
2.6661-2.7205	0.336584508976	161	0.288359298091	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.7854077253
2.7205-2.7797	0.313196362199	149	0.286743891126	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.7532604864
2.7797-2.8443	0.277553855984	136	0.283196420895	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.963963964
2.8443-2.9154	0.323346201461	148	0.270878495059	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.9639899172
2.9154-2.9942	0.336164329468	128	0.284969493805	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9644128114
2.9942-3.0822	0.349273776698	119	0.283294529782	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0822-3.1817	0.298659791865	149	0.268176512884	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1817-3.2953	0.277652086018	147	0.258193801956	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.9640028798
3.2953-3.4271	0.289972018594	174	0.256103914593	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4271-3.583	0.293304741071	128	0.244632836084	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.583-3.7717	0.262304477335	183	0.241082367467	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7717-4.0077	0.266898955234	123	0.228489422354	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0077-4.3166	0.252441630622	126	0.222648418238	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.9639899172
4.3166-4.7501	0.246142066618	119	0.227285078878	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.8589065256
4.7501-5.4353	0.266763742229	127	0.229676325031	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4353-6.8399	0.295323741273	151	0.23719237003	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.9646518204
6.8399-35.479	0.233859928107	135	0.226826479843	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.6819285467

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -40.9048605678 Å / Origin y: 14.3563063439 Å / Origin z: -0.49602436209 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.466067336846 Å²	-0.0171498319921 Å²	-0.128298270345 Å²	-	0.429898750753 Å²	0.0542039711266 Å²	-	-	0.366186128335 Å²
L	0.651545482962 °²	-0.412144492021 °²	-0.0599449733243 °²	-	0.216631995109 °²	0.0289209922919 °²	-	-	-0.11990330182 °²
S	-0.0424628213342 Å °	0.0176435446847 Å °	0.0101221237181 Å °	-0.00485283969223 Å °	0.00426642696957 Å °	0.0246189922889 Å °	-0.0519770255067 Å °	0.0300519888304 Å °	0.0320739172469 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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