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- PDB-7xmj: Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xmj | |||||||||
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Title | Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan esterase | |||||||||
![]() | Acetylxylan esterase | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / carbohydrate esterase / carbohydrate esterase family 7 / acetyl xylan esterase | |||||||||
Function / homology | Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / Alpha/Beta hydrolase fold / Acetylxylan esterase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jiang, Z.Q. / Ma, J.W. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of carbohydrate esterase family 7 acetyl xylan esterase Authors: Jiang, Z.Q. / Ma, J.W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 595.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 410.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 426.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3fcyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 8 - 308 / Label seq-ID: 8 - 308
|
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Components
#1: Protein | Mass: 35811.641 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: axe, LLKF_1447 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A9QSE8, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.2M ammonium sulfate, 0.075M MES monohydrate pH 6.5, 7.5% (v/v) 1,4-Dioxane, 25% (v/v) Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9788 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.41→35.48 Å / Num. obs: 64479 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 48.835415836 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 24.9 |
Reflection shell | Resolution: 6.85→49.9146 Å / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique obs: 2736 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3FCY Resolution: 2.41066763497→35.4797551667 Å / SU ML: 0.346198931596 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37664785009 / Phase error: 28.9491788545 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.5813405969 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41066763497→35.4797551667 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -40.9048605678 Å / Origin y: 14.3563063439 Å / Origin z: -0.49602436209 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |