PDB-7xm0: Crystal structure of Sau3AI-C and DNA substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xm0

タイトル

Crystal structure of Sau3AI-C and DNA substrate complex

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
Type II restriction enzyme Sau3AI

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Sau3AI / restriction endonuclease / Protein-DNA complex / enzyme mechanism / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yahui, L. / Feng, Y. / Jianhua, H.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2021YFC2301405	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971121	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81861138047	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	U1932130	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Self-Activation Mechanism of Type IIE Restriction Endonuclease Sau3AI
著者: Yahui, L. / Feng, Y. / Jianhua, H.

履歴

登録	2022年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年7月19日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _ndb_struct_na_base_pair.buckle ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id 解説: Ligand identity 詳細: The methyl group of all Thymine bases in the csau-DNA structure were missing. We add it back to all the Thymine bases. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xm0.cif.gz	480.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xm0.ent.gz	326.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7xm0_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xm0_full_validation.pdf.gz	506.5 KB	表示
XML形式データ	7xm0_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	7xm0_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2reuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (3) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (2) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type II restriction enzyme Sau3AI

B: Type II restriction enzyme Sau3AI

C: Type II restriction enzyme Sau3AI

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

G: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

H: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

I: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

119 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Type II restriction enzyme Sau3AI

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.5 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Type II restriction enzyme Sau3AI

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

G: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Type II restriction enzyme Sau3AI

H: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

I: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.943, 98.391, 209.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Type II restriction enzyme Sau3AI / R.Sau3AI / Endonuclease Sau3AI / Type-2 restriction enzyme Sau3AI 分子量: 33401.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: sau3AIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPGPAPTPCPAPTPG)-3') 分子量: 3044.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 13% PEG 3350, 0.1 M MES (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→42.23 Å / Num. obs: 40245 / % possible obs: 98.26 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 58.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.45
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / R_merge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 40245

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000	v722	データ削減
HKL-2000	v722	データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2REU

2reu

解像度: 2.6→42.23 Å / SU ML: 0.3838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	2027	5.04 %
R_work	0.1933	38218	-
obs	0.1956	40245	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6320	1212	3	43	7578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	7833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6249	10801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.629	1377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.4028	144	0.3453	2489	X-RAY DIFFRACTION	90.67
2.66-2.73	0.3611	135	0.3046	2670	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.73-2.81	0.3295	145	0.274	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.81-2.91	0.3163	143	0.2702	2699	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.91-3.01	0.3023	130	0.2466	2718	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.01-3.13	0.3032	155	0.2473	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.13-3.27	0.2965	157	0.2518	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.03
3.27-3.44	0.3139	142	0.2132	2673	X-RAY DIFFRACTION	96.9
3.44-3.66	0.2174	138	0.2008	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.66-3.94	0.2346	151	0.1859	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.94-4.34	0.1942	149	0.1588	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.34-4.97	0.1872	150	0.1507	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-6.25	0.1968	143	0.1616	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.25-42.23	0.2093	145	0.1626	2909	X-RAY DIFFRACTION	97.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.83191260177	-0.810684268313	-2.71817136324	4.20933361267	-0.273700400236	6.75358241584	0.0604342780132	0.148676044109	0.210204751805	-0.196180786016	0.0149151093289	0.623647279612	-0.337390745376	-0.924544899725	-0.123052159368	0.335723520434	-0.00998547011706	-0.093855917125	0.40558009959	-0.0432517568415	0.557230690202	-41.4524319144	-4.99048159212	-15.8412230858
2	4.57502346858	0.571925462738	-0.639235855378	3.82602295393	1.29620183485	6.58554034623	0.139575254196	-0.427880839983	0.507488217844	0.313318719134	-0.20218916351	0.0590684645281	-0.191160646334	0.730626304369	0.0237660160746	0.323418916231	-0.0298194547027	0.0643662456445	0.330372125267	0.0216032255663	0.495362278752	-19.112433972	-6.72310596638	-4.25909627965
3	5.18995556753	1.74692759162	3.13511409618	3.16927610386	1.43570747384	7.29871307099	0.173102935543	-0.28041764605	-0.154925272176	0.131162766034	-0.194385742257	0.0504005248663	0.199910084277	-0.153931796976	-0.0558539771721	0.264531526693	-0.0471330957348	0.0707726208176	0.256022317428	0.0034999514305	0.43405849963	-26.5350200866	-12.143515432	-5.89936588915
4	5.73995206584	0.537748033143	-1.45663141219	2.51931110873	-0.456391758824	4.01049651537	0.0318815809264	-0.0707250940469	-0.206527147469	-0.135041875677	-0.0832767649255	-0.719480500317	0.0924762400925	0.683103735893	0.0770913840794	0.360797042135	0.0555345979036	0.0269177076916	0.379763435851	-0.0437797433831	0.640651905254	-9.31985922564	-9.61583668809	-14.6725816604
5	2.94529377323	-3.0892768441	2.45513960475	5.01901773154	-0.306682957078	6.05756648545	0.694126064588	1.21017547294	0.103912923411	-1.49872652321	-0.449162595514	0.411697881511	0.0924947693891	0.623480019798	-0.225673405408	1.28834458989	0.11647491562	-0.295544344413	0.621346300931	-0.0190423553654	0.576410327001	-16.6235397865	-39.1092084728	-52.2559768224
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28	6.61729440568	-2.08274866523	-1.99568414594	3.37395163125	1.83649789703	3.90517896206	0.320484223818	-0.432170058146	-0.00518455120487	-0.110145048693	-0.050212072264	0.05318137767	0.565191805451	-0.18608083156	-0.158778782545	0.833438183853	0.00399396974911	-0.271801004512	0.330409268323	0.00986494024932	0.700004904596	-17.9081697309	-42.3187691801	-26.8250440387
29	2.26361050147	-0.248252439386	-0.0931934148369	6.27740112056	1.82028330723	2.85369354141	-0.243383514151	-0.00196111560271	0.287726602797	-1.08623365518	0.0743753400686	0.441006286504	0.0245961817053	-0.373028145135	0.0735532767257	0.742571190455	0.0014714625746	-0.336364592583	0.334449465496	-0.0188542150231	0.793941768902	-18.3096905731	-42.480280249	-25.4701995866
30	2.62015685555	0.504121643409	-1.27916597825	3.27032137849	-2.98225925869	3.34951232444	-0.528500004316	0.113887949542	0.678380744633	-0.937895614692	0.15446329185	-0.156350250892	-0.52776946958	-0.118812601485	0.394941084015	0.95849819792	-0.0550153871989	-0.182365387916	0.324375309974	0.0114197625162	0.818327783818	-22.7662685355	-74.1644819295	-27.3164860736
31	0.519323688962	1.0160897249	-0.985022100331	2.21599009236	-2.22835827183	3.39663359899	-0.970651993879	-0.440649407755	0.962746132144	0.420398501724	-0.424890002129	-1.14355583894	-0.559030727734	0.397337857956	-0.0588724832511	1.06757543241	-0.108330163876	-0.485879164625	0.19413020997	-0.208167597861	0.979853588741	-23.7439446058	-73.9493993992	-28.1087878434

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 232 through 308 )	A	A	232 - 308	1 - 77
2	2	chain 'A' and (resid 309 through 342 )	A	A	309 - 342	78 - 111
3	3	chain 'A' and (resid 343 through 396 )	A	A	343 - 396	112 - 165
4	4	chain 'A' and (resid 397 through 489 )	A	A	397 - 489	166 - 258
5	5	chain 'B' and (resid 236 through 259 )	B	B	236 - 259	1 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 260 through 277 )	B	B	260 - 277	25 - 42
7	7	chain 'B' and (resid 278 through 300 )	B	B	278 - 300	43 - 65
8	8	chain 'B' and (resid 301 through 318 )	B	B	301 - 318	66 - 83
9	9	chain 'B' and (resid 319 through 342 )	B	B	319 - 342	84 - 107
10	10	chain 'B' and (resid 343 through 383 )	B	B	343 - 383	108 - 148
11	11	chain 'B' and (resid 384 through 418 )	B	B	384 - 418	149 - 183
12	12	chain 'B' and (resid 419 through 489 )	B	B	419 - 489	184 - 254
13	13	chain 'C' and (resid 236 through 260 )	C	C	236 - 260	1 - 25
14	14	chain 'C' and (resid 261 through 278 )	C	C	261 - 278	26 - 43
15	15	chain 'C' and (resid 279 through 292 )	C	C	279 - 292	44 - 57
16	16	chain 'C' and (resid 293 through 308 )	C	C	293 - 308	58 - 73
17	17	chain 'C' and (resid 309 through 329 )	C	C	309 - 329	74 - 94
18	18	chain 'C' and (resid 330 through 351 )	C	C	330 - 351	95 - 111
19	19	chain 'C' and (resid 352 through 374 )	C	C	352 - 374	112 - 134
20	20	chain 'C' and (resid 375 through 395 )	C	C	375 - 395	135 - 155
21	21	chain 'C' and (resid 396 through 413 )	C	C	396 - 413	156 - 173
22	22	chain 'C' and (resid 414 through 433 )	C	C	414 - 433	174 - 193
23	23	chain 'C' and (resid 434 through 463 )	C	C	434 - 463	194 - 223
24	24	chain 'C' and (resid 464 through 477 )	C	C	464 - 477	224 - 237
25	25	chain 'C' and (resid 478 through 489 )	C	C	478 - 489	238 - 249
26	26	chain 'D' and (resid 1 through 10 )	D	D	1 - 10
27	27	chain 'E' and (resid 1 through 10 )	E	E	1 - 10
28	28	chain 'F' and (resid 1 through 10 )	F	F	1 - 10
29	29	chain 'G' and (resid 1 through 10 )	G	G	1 - 10
30	30	chain 'H' and (resid 1 through 10 )	H	H	1 - 10
31	31	chain 'I' and (resid 1 through 10 )	I	I	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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