[日本語] English
万見
- PDB-7xm0: Crystal structure of Sau3AI-C and DNA substrate complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xm0
タイトルCrystal structure of Sau3AI-C and DNA substrate complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
  • Type II restriction enzyme Sau3AI
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Sau3AI / restriction endonuclease / Protein-DNA complex / enzyme mechanism / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair MutH/Type II restriction enzyme Sau3AI / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Type II restriction enzyme Sau3AI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, Y. / Yu, F. / He, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301405 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971121 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138047 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932130 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: The crystal structures of Sau3AI with and without bound DNA suggest a self-activation-based DNA cleavage mechanism.
著者: Liu, Y. / Xu, C. / Zhou, H. / Wang, W. / Liu, B. / Li, Y. / Hu, X. / Yu, F. / He, J.
履歴
登録2022年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年7月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _ndb_struct_na_base_pair.buckle ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand identity
詳細: The methyl group of all Thymine bases in the csau-DNA structure were missing. We add it back to all the Thymine bases.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Type II restriction enzyme Sau3AI
B: Type II restriction enzyme Sau3AI
C: Type II restriction enzyme Sau3AI
D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,54212
ポリマ－118,4699
非ポリマー733
水77543
1
A: Type II restriction enzyme Sau3AI
D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5144
ポリマ－39,4903
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
2
B: Type II restriction enzyme Sau3AI
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5144
ポリマ－39,4903
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
3
C: Type II restriction enzyme Sau3AI
H: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5144
ポリマ－39,4903
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.943, 98.391, 209.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Type II restriction enzyme Sau3AI / R.Sau3AI / Endonuclease Sau3AI / Type-2 restriction enzyme Sau3AI


分子量: 33401.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sau3AIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3044.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 13% PEG 3350, 0.1 M MES (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.23 Å / Num. obs: 40245 / % possible obs: 98.26 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 58.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.45
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 40245

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v722データ削減
HKL-2000v722データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2REU

2reu


解像度: 2.6→42.23 Å / SU ML: 0.3838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 2027 5.04 %
Rwork0.1933 38218 -
obs0.1956 40245 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6320 1212 3 43 7578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.624910801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6291377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.40281440.34532489X-RAY DIFFRACTION90.67
2.66-2.730.36111350.30462670X-RAY DIFFRACTION97.29
2.73-2.810.32951450.2742649X-RAY DIFFRACTION98.1
2.81-2.910.31631430.27022699X-RAY DIFFRACTION98.03
2.91-3.010.30231300.24662718X-RAY DIFFRACTION98.38
3.01-3.130.30321550.24732722X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.270.29651570.25182686X-RAY DIFFRACTION98.03
3.27-3.440.31391420.21322673X-RAY DIFFRACTION96.9
3.44-3.660.21741380.20082764X-RAY DIFFRACTION99.04
3.66-3.940.23461510.18592781X-RAY DIFFRACTION99.9
3.94-4.340.19421490.15882777X-RAY DIFFRACTION99.93
4.34-4.970.18721500.15072822X-RAY DIFFRACTION100
4.97-6.250.19681430.16162859X-RAY DIFFRACTION99.93
6.25-42.230.20931450.16262909X-RAY DIFFRACTION97.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83191260177-0.810684268313-2.718171363244.20933361267-0.2737004002366.753582415840.06043427801320.1486760441090.210204751805-0.1961807860160.01491510932890.623647279612-0.337390745376-0.924544899725-0.1230521593680.335723520434-0.00998547011706-0.0938559171250.40558009959-0.04325175684150.557230690202-41.4524319144-4.99048159212-15.8412230858
24.575023468580.571925462738-0.6392358553783.826022953931.296201834856.585540346230.139575254196-0.4278808399830.5074882178440.313318719134-0.202189163510.0590684645281-0.1911606463340.7306263043690.02376601607460.323418916231-0.02981945470270.06436624564450.3303721252670.02160322556630.495362278752-19.112433972-6.72310596638-4.25909627965
35.189955567531.746927591623.135114096183.169276103861.435707473847.298713070990.173102935543-0.28041764605-0.1549252721760.131162766034-0.1943857422570.05040052486630.199910084277-0.153931796976-0.05585397717210.264531526693-0.04713309573480.07077262081760.2560223174280.00349995143050.43405849963-26.5350200866-12.143515432-5.89936588915
45.739952065840.537748033143-1.456631412192.51931110873-0.4563917588244.010496515370.0318815809264-0.0707250940469-0.206527147469-0.135041875677-0.0832767649255-0.7194805003170.09247624009250.6831037358930.07709138407940.3607970421350.05553459790360.02691770769160.379763435851-0.04377974338310.640651905254-9.31985922564-9.61583668809-14.6725816604
52.94529377323-3.08927684412.455139604755.01901773154-0.3066829570786.057566485450.6941260645881.210175472940.103912923411-1.49872652321-0.4491625955140.4116978815110.09249476938910.623480019798-0.2256734054081.288344589890.11647491562-0.2955443444130.621346300931-0.01904235536540.576410327001-16.6235397865-39.1092084728-52.2559768224
61.576454418260.3777697664340.03509124301630.9120203385061.956199779816.90535923492-0.08753121255310.543528288785-0.865391720284-0.591923105833-0.2095753199590.630928951031.44710056471-0.3709882991060.1685591156911.145181988180.00546803633724-0.3738097289910.4421519122220.02319480725070.923930699375-21.5884266218-44.475017538-41.9785894578
74.101270352213.22514193175-0.08802808137313.222356409391.40626034953.214099105910.4072594662260.19037733954-1.95810693565-0.494378278521-0.0872214922341-0.4218915288660.7063934935130.633780357014-0.2715133010681.645755534470.406128138751-0.3752043582710.794935690569-0.1073695264331.16420962022-11.2453077869-51.0606667443-52.5655190276
88.66078387066-3.74719544622-0.2743137490995.896037552352.399865368794.849142449270.1651298997910.4149810985390.315295265238-0.4750927968-0.3967046180350.0915641083113-0.011060109837-0.2964086104470.2281273833750.8319498059450.040959754498-0.2084745748810.4078750186040.003444856786730.534438422583-13.3654318426-33.3124925278-36.4970738924
95.591903264530.328837626374-0.4737686365693.98345410681-0.4691140799835.45498709040.517784614872-0.117681125457-0.729007683797-0.201010639491-0.204883117153-0.5425681515151.055107973741.09155777385-0.2369493410190.922731888550.286944481452-0.2371730363670.612446475496-0.1404539707550.6337209529576.23053928349-50.0775431246-27.0185539753
104.536893542070.8423409566773.053261878523.09492876729-1.13149863516.207791643110.1335000272220.5238686117790.367965080791-1.11952545742-0.0279703093487-0.1479769788820.4351772076730.445469359253-0.1948052715260.8760971499450.158240214932-0.09839878551550.447899903834-0.05111303781530.510413859313-5.63637015292-36.6528153106-39.9424531191
113.245674264560.885790187869-4.45287831522.39102155059-1.580695048027.14404601390.2559334574140.00857688866942-0.0427858895457-0.183474066986-0.08709623533190.1387009238180.2655953558190.228828978694-0.1228405384170.4844122102380.0385638279797-0.2060576581910.380287925471-0.08945286348920.55301166888-5.88506394682-41.2520764118-14.3804650415
121.428898223570.678275868824-0.5266946222421.48154983785-0.4550949814547.851195564330.156883247031-0.05391240316960.16544049989-0.1489817149870.1255238164940.3297586290930.1910233755980.0521296155915-0.2370308616780.4670816470820.113890984446-0.2031027098310.320289615717-0.08064385290690.589823332735-8.05264946509-43.1347375133-19.9745262637
134.60690178495-1.39357509979-1.962168873152.885096854410.9518820812686.97171313947-0.3077195891270.4575078830920.0558273806771-0.580284350670.1211355782930.5633628236310.0166967750025-0.7876484050430.3056412319171.11170407170.0312194673401-0.3200878221330.508811962747-0.0901955325020.698442108674-40.9260563521-72.3115722169-46.9008658169
140.811464125805-1.329521334661.160647776232.67457230353-1.804235182044.81984414933-0.1233626837570.2026014186490.615823530918-0.9158371931030.321455654309-0.733040048601-0.522007568047-0.161810666645-0.08880259166711.10715019717-0.1179320794-0.2172319171580.393273154155-0.04512641160610.905690191868-30.5066290755-69.5233904733-41.498849422
153.02963592481-0.4297311456120.6733685909952.095427812581.58140782074.50722789454-0.3258517102610.1701573508350.955120700274-1.37097694287-0.129592986107-0.557459189263-1.57810436449-0.1186493542680.4632248136931.506840044790.0441114724712-0.2780855842010.554506739032-0.010415354641.01899141531-40.6872551276-60.7710757528-47.595740237
166.86818315544-2.282674543731.158603870314.56276075859-0.9150990509066.62219035445-0.124245493852-0.3069195677270.829010452641-0.0645151088057-0.05733533651020.193136620676-0.631214936358-1.132045581180.06753688345460.8772170071970.0648314493691-0.3117634212290.6377654063-0.2072662920020.850128095762-43.1045489239-67.0156286553-34.9221394455
175.078066127350.08182924302061.197739273834.930799289551.485515492792.33719510752-0.272102114174-0.6332499868920.311367639169-0.5612856164680.008119516489440.401450759047-1.03730683332-0.1260870809720.2853322145460.6607761546210.0367259113542-0.1414832283820.429613865884-0.02396029393720.67444493559-32.6474175103-74.8075442117-23.6645788055
182.4069292891-0.1602643177650.8642234185255.000300775312.353883430352.3099218179-0.387724051735-1.234033195820.6590583932860.7375309605-0.4054019686140.632320955718-1.85043622133-1.642710585850.7726784181131.020006912590.295897251552-0.1880935879771.16650602726-0.4079933220441.12845397656-44.5978257289-66.118123062-15.4984547485
196.55853569878-1.16255752447-0.4559857111485.371759915090.9817459231088.11354422894-0.4364447737080.1022188559410.13596909781-0.9755978512960.1162017083310.497795038792-0.595595125654-0.1867671888740.4297008310630.81485949059-0.0391482071917-0.2601169845080.486096066314-0.1657932231540.703680508346-39.168690044-79.6654681099-39.0243115028
202.845879598040.05544787936232.489984968841.9692860711-0.5995011868424.32569557067-0.399483790434-1.631892860810.650960338250.619835522296-0.4807052497961.10636226952-0.566897142378-1.690482142580.8308884256650.7992196027430.2202943866130.03013657279721.25360331424-0.4700331981310.950338428606-42.9638941518-74.9177656945-12.9775896396
219.63054109344-0.05269157508940.01291385709496.753114478071.289549924465.68220881404-0.0432789854885-0.755742319580.1534501270430.4257777070160.224267956281-0.826829590557-0.2510465072460.7873442077850.03218413695120.7163224360560.00674529133044-0.2693730456680.514344529103-0.05804700882530.725642991768-17.8468130004-76.3294686065-11.1982632554
228.26941650491.24348409251.027586608474.332526199020.5634110977283.62642247286-0.213358577453-1.09180715389-0.6727655996830.420056433456-0.01488322206940.2357090982060.185878316105-0.3560824622420.1794136287870.6181143168230.0566547309474-0.09582560836650.513178438366-0.04650522022520.57620925451-28.5530511075-78.9182777838-15.1626115151
232.772716943860.337634899890.3372192587533.715097951390.2470766118574.83825950586-0.0757137891508-0.4626456460540.2815585584050.355818030975-0.0322000635249-0.612196071982-0.4193130613790.6684772172420.2616494114240.663863313823-0.00678226930455-0.2701720913290.534495977199-0.1392463426630.816037040693-18.0584091086-68.1952690512-11.7232031164
246.729066597961.697895970521.842177271836.098300611130.729748556911.27349427643-0.649230586477-1.364421020130.9555157510370.40013833888-0.3040214867170.25313070444-0.597084462711-0.5124773411550.9178270978340.6509871946050.0436715441899-0.1334227548090.505570554053-0.1448522837610.549395960112-25.5104551041-69.4916756048-14.9111160948
253.24742073047-0.838842831822-1.992268276295.92944233071-2.154990326322.454716556440.207841057453-0.482128935368-0.505159531785-0.870711888462-0.2132941102860.4642246744320.632439914367-1.633369614440.2025381110490.592988210685-0.0892812928429-0.1241523359590.775490494365-0.1131465169530.866849538003-42.4390039603-83.9269441831-30.4955972021
267.22541303938-3.533030168160.02022468191824.831927864081.710108798588.35426379582-0.06470911724540.111819770711-0.518538470717-0.439928678166-0.0814161325851-0.2476427379120.09995219521040.4156643567510.08586546079290.314522031181-0.01971569771750.04932987304990.278562352718-0.009284193050770.474018538281-19.5239496147-8.90094299218-22.2593631366
274.24097008036-0.7116472550323.237579398563.66171058565-4.876587793357.72364393079-0.124393332041-0.1319441657950.49961527062-0.6107054682460.0112746202978-0.4458849842030.2847651750880.1217124937490.1524553489380.4061203446320.02487561127760.06031506516270.294577561768-0.1135509780970.611922035858-18.3912021297-9.06371543546-22.6077353783
286.61729440568-2.08274866523-1.995684145943.373951631251.836497897033.905178962060.320484223818-0.432170058146-0.00518455120487-0.110145048693-0.0502120722640.053181377670.565191805451-0.18608083156-0.1587787825450.8334381838530.00399396974911-0.2718010045120.3304092683230.009864940249320.700004904596-17.9081697309-42.3187691801-26.8250440387
292.26361050147-0.248252439386-0.09319341483696.277401120561.820283307232.85369354141-0.243383514151-0.001961115602710.287726602797-1.086233655180.07437534006860.4410062865040.0245961817053-0.3730281451350.07355327672570.7425711904550.0014714625746-0.3363645925830.334449465496-0.01885421502310.793941768902-18.3096905731-42.480280249-25.4701995866
302.620156855550.504121643409-1.279165978253.27032137849-2.982259258693.34951232444-0.5285000043160.1138879495420.678380744633-0.9378956146920.15446329185-0.156350250892-0.52776946958-0.1188126014850.3949410840150.95849819792-0.0550153871989-0.1823653879160.3243753099740.01141976251620.818327783818-22.7662685355-74.1644819295-27.3164860736
310.5193236889621.0160897249-0.9850221003312.21599009236-2.228358271833.39663359899-0.970651993879-0.4406494077550.9627461321440.420398501724-0.424890002129-1.14355583894-0.5590307277340.397337857956-0.05887248325111.06757543241-0.108330163876-0.4858791646250.19413020997-0.2081675978610.979853588741-23.7439446058-73.9493993992-28.1087878434
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 232 through 308 )AA232 - 3081 - 77
22chain 'A' and (resid 309 through 342 )AA309 - 34278 - 111
33chain 'A' and (resid 343 through 396 )AA343 - 396112 - 165
44chain 'A' and (resid 397 through 489 )AA397 - 489166 - 258
55chain 'B' and (resid 236 through 259 )BB236 - 2591 - 24
66chain 'B' and (resid 260 through 277 )BB260 - 27725 - 42
77chain 'B' and (resid 278 through 300 )BB278 - 30043 - 65
88chain 'B' and (resid 301 through 318 )BB301 - 31866 - 83
99chain 'B' and (resid 319 through 342 )BB319 - 34284 - 107
1010chain 'B' and (resid 343 through 383 )BB343 - 383108 - 148
1111chain 'B' and (resid 384 through 418 )BB384 - 418149 - 183
1212chain 'B' and (resid 419 through 489 )BB419 - 489184 - 254
1313chain 'C' and (resid 236 through 260 )CC236 - 2601 - 25
1414chain 'C' and (resid 261 through 278 )CC261 - 27826 - 43
1515chain 'C' and (resid 279 through 292 )CC279 - 29244 - 57
1616chain 'C' and (resid 293 through 308 )CC293 - 30858 - 73
1717chain 'C' and (resid 309 through 329 )CC309 - 32974 - 94
1818chain 'C' and (resid 330 through 351 )CC330 - 35195 - 111
1919chain 'C' and (resid 352 through 374 )CC352 - 374112 - 134
2020chain 'C' and (resid 375 through 395 )CC375 - 395135 - 155
2121chain 'C' and (resid 396 through 413 )CC396 - 413156 - 173
2222chain 'C' and (resid 414 through 433 )CC414 - 433174 - 193
2323chain 'C' and (resid 434 through 463 )CC434 - 463194 - 223
2424chain 'C' and (resid 464 through 477 )CC464 - 477224 - 237
2525chain 'C' and (resid 478 through 489 )CC478 - 489238 - 249
2626chain 'D' and (resid 1 through 10 )DD1 - 10
2727chain 'E' and (resid 1 through 10 )EE1 - 10
2828chain 'F' and (resid 1 through 10 )FF1 - 10
2929chain 'G' and (resid 1 through 10 )GG1 - 10
3030chain 'H' and (resid 1 through 10 )HH1 - 10
3131chain 'I' and (resid 1 through 10 )II1 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る