+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xm0 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Sau3AI-C and DNA substrate complex | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Sau3AI / restriction endonuclease / Protein-DNA complex / enzyme mechanism / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||||||||
Authors | Yahui, L. / Feng, Y. / Jianhua, H. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The Self-Activation Mechanism of Type IIE Restriction Endonuclease Sau3AI Authors: Yahui, L. / Feng, Y. / Jianhua, H. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xm0.cif.gz | 480.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xm0.ent.gz | 326.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xm0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2reuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33401.582 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: sau3AIR / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease #2: DNA chain | Mass: 3044.017 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: evaporation / pH: 6.5 / Details: 13% PEG 3350, 0.1 M MES (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→42.23 Å / Num. obs: 40245 / % possible obs: 98.26 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 58.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.45 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 40245 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2REU Resolution: 2.6→42.23 Å / SU ML: 0.3838 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.8192 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→42.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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