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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xlv | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster (G7I mutant) | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Silver / nanocluster | 機能・相同性 | SILVER ION / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | データ登録者 | Kondo, J. / Cerretani, C. / Vosch, T. | 資金援助 | デンマーク, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nanoscale Adv / 年: 2022 | タイトル: The effect of inosine on the spectroscopic properties and crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized silver nanocluster. 著者: Cerretani, C. / Liisberg, M.B. / Ruck, V. / Kondo, J. / Vosch, T. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xlv.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xlv.ent.gz | 19.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xlv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xlv_validation.pdf.gz | 15.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xlv_full_validation.pdf.gz | 15.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xlv_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xlv_validation.cif.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xlwC 6jr4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2998.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #3: 化合物 | ChemComp-AG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, spermine, lithium chloride, MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→30.59 Å / Num. obs: 35080 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.428 % / Biso Wilson estimate: 9.379 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 9.85 / Num. measured all: 120254 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JR4 解像度: 1.1→30.59 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 8.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 24.35 Å2 / Biso mean: 12.0448 Å2 / Biso min: 6.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.1→30.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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