PDB-7xlo: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Inosine Monophosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xlo

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of Inosine Monophosphate Dehydrogenase (IMPDH) from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IMPDH TIM / Catalytic domain / alpha and beta proteins (a/b) / TIM beta/alpha-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bellur, A. / Sharma, P. / Balaram, H.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Inosine Monophosphate Dehydrogenase (IMPDH) from Methanocaldococcus jannaschii
著者: Bellur, A. / Sharma, P. / Balaram, H.

履歴

登録	2022年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xlo.cif.gz	134.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xlo.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xlo_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xlo_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	7xlo_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	7xlo_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cu0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.650, 97.650, 168.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 42253.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: guaB, MJ1616 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59011, IMP dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.05 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月31日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→53.37 Å / Num. obs: 24178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.845 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / Num. unique obs: 24178 / CC_1/2: 0.845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2cu0

2cu0

解像度: 2.6→53.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.827 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.806 / SU B: 15.822 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.843 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27606	1233	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25416	-	-	-
obs	0.25525	22945	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→53.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4756	0	0	165	4921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.631	6518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.581	11063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.059	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.029	23.5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.403	15	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.228	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.762	1.674	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.762	1.674	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.336	2.504	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.336	2.504	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.614	1.777	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.613	1.777	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.099	2.626	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.173	20.185	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.165	20.213	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	100	-
R_work	0.36	1683	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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