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- PDB-7xkc: Crystal structure of Daucus Carrot hypoglycemic peptide (DCHP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xkc
タイトルCrystal structure of Daucus Carrot hypoglycemic peptide (DCHP)
要素DCHP
キーワードPLANT PROTEIN / Daucus Carrot / hypoglycemic peptide / a-glycosidase inhibitor.
機能・相同性Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Daucus carota subsp. sativus (ニンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Guo, T. / Ren, J.Q. / Wang, L. / Shi, Y.W. / Feng, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800656 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071191 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Characterization of a thermostable, protease-tolerant inhibitor of alpha-glycosidase from carrot: A potential oral additive for treatment of diabetes.
著者: Hao, Y. / Guo, T. / Ren, J. / Wang, Y. / Wang, L. / Shi, Y. / Feng, W.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCHP
B: DCHP
C: DCHP
D: DCHP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9667
ポリマ－40,6784
非ポリマー2883
水75742
1
A: DCHP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1691
ポリマ－10,1691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
2
B: DCHP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2662
ポリマ－10,1691
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5420 Å2
手法PISA
3
C: DCHP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2662
ポリマ－10,1691
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
4
D: DCHP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2662
ポリマ－10,1691
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.850, 66.210, 121.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
DCHP


分子量: 10169.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Daucus carota subsp. sativus (ニンジン)
遺伝子: DCAR_011990
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A166C3G6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium sulfate decahydrate, 20% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→44.78 Å / Num. obs: 14451 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.56→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 955 / CC1/2: 0.597 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rdy

3rdy


解像度: 2.56→44.78 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 1438 10 %
Rwork0.2415 12947 -
obs0.2463 14385 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.22 Å2 / Biso mean: 60.2293 Å2 / Biso min: 34.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 15 42 2586
Biso mean--74.58 53.52 -
残基数----331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.56-2.650.30811320.29771179131192
2.65-2.760.32171400.29091262140299
2.76-2.880.33651420.28821275141799
2.88-3.040.35681440.278412911435100
3.04-3.230.28631430.248512931436100
3.23-3.470.27771430.237312881431100
3.47-3.820.26251450.23891311145699
3.82-4.370.27661470.21421308145599
4.38-5.510.28011490.221113461495100
5.51-44.780.29871530.24671394154799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56610.822-0.08332.06130.91774.00910.1876-0.12790.0208-0.0742-0.09030.0797-0.19280.1528-0.09730.2173-0.0279-0.02070.27140.02790.016636.27255.58250.273
22.27961.02491.58912.66921.91936.01910.0012-0.0223-0.1649-0.23830.0848-0.15780.0726-0.2297-0.0860.1551-0.00320.0350.1857-0.00040.020725.38237.93141.049
32.02950.2453-1.08721.5951-0.98076.22110.196-0.11190.016-0.0139-0.07910.0841-0.21120.27-0.11690.1344-0.05930.01370.232-0.0490.013730.83158.43873.859
41.15370.3185-0.4663.3854-0.56385.71130.0205-0.40840.0663-0.46050.098-0.128-0.39670.1325-0.11850.4414-0.09340.06010.1675-0.03760.015122.31743.35917.062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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