+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xk5 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, state 3 | ||||||||||||||||||
![]() | (Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ...) x 6 | ||||||||||||||||||
![]() | TRANSLOCASE / NADH-quinone oxidoreductase / redox-driven sodium pump / bioenergetics / Vibrio cholerae / electron transport / membrane protein complex / OXIDOREDUCTASE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / FAD binding / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding ...riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / FAD binding / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Kishikawa, J. / Ishikawa, M. / Masuya, T. / Murai, M. / Barquera, B. / Miyoshi, H. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae. 著者: Jun-Ichi Kishikawa / Moe Ishikawa / Takahiro Masuya / Masatoshi Murai / Yuki Kitazumi / Nicole L Butler / Takayuki Kato / Blanca Barquera / Hideto Miyoshi / ![]() ![]() 要旨: The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy- ...The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy-consuming reactions in bacteria. Since Na-NQR is exclusively found in prokaryotes, it is a promising target for highly selective antibiotics. However, the molecular mechanism of inhibition is not well-understood for lack of the atomic structural information about an inhibitor-bound state. Here we present cryo-electron microscopy structures of Na-NQR from Vibrio cholerae with or without a bound inhibitor at 2.5- to 3.1-Å resolution. The structures reveal the arrangement of all six redox cofactors including a herein identified 2Fe-2S cluster located between the NqrD and NqrE subunits. A large part of the hydrophilic NqrF is barely visible in the density map, suggesting a high degree of flexibility. This flexibility may be responsible to reducing the long distance between the 2Fe-2S centers in NqrF and NqrD/E. Two different types of specific inhibitors bind to the N-terminal region of NqrB, which is disordered in the absence of inhibitors. The present study provides a foundation for understanding the function of Na-NQR and the binding manner of specific inhibitors. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 332.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 271.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33244MC ![]() 7xk3C ![]() 7xk4C ![]() 7xk6C ![]() 7xk7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 48680.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5X1, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 45390.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5X0, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
#3: タンパク質 | 分子量: 27652.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5Y7, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
#4: タンパク質 | 分子量: 22853.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5Y6, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
#5: タンパク質 | 分子量: 21481.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5Y5, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
#6: タンパク質 | 分子量: 45942.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F5Y4, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
#10: 糖 |
---|
-非ポリマー , 6種, 9分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/RBF.gif)
![](data/chem/img/PEE.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/RBF.gif)
![](data/chem/img/PEE.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-RBF / | #9: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-CA / | #13: 化合物 | ChemComp-FAD / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, state 3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 0.0039 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.5 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9027 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2570565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72234 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4P6V![]() 4p6v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|