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万見
- PDB-7xja: TMD masked refine map of human ClC-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xja
タイトルTMD masked refine map of human ClC-2
要素Chloride channel protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / homo-dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of aldosterone biosynthetic process / cell differentiation involved in salivary gland development / regulation of membrane depolarization during action potential / volume-sensitive chloride channel activity / astrocyte end-foot / stabilization of membrane potential / acinar cell differentiation / cellular hypotonic response / regulation of resting membrane potential / voltage-gated chloride channel activity ...regulation of aldosterone biosynthetic process / cell differentiation involved in salivary gland development / regulation of membrane depolarization during action potential / volume-sensitive chloride channel activity / astrocyte end-foot / stabilization of membrane potential / acinar cell differentiation / cellular hypotonic response / regulation of resting membrane potential / voltage-gated chloride channel activity / axon initial segment / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / chloride transport / phagocytosis, engulfment / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / chloride channel complex / lung development / Stimuli-sensing channels / myelin sheath / retina development in camera-type eye / perikaryon / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chloride channel ClC-2 / : / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of ClC-2 chloride channel reveal the blocking mechanism of its specific inhibitor AK-42
著者: Ma, T. / Wang, L. / Chai, A. / Liu, C. / Cui, W. / Yuan, S. / Wing Ngor Au, S. / Sun, L. / Zhang, X. / Zhang, Z. / Lu, J. / Gao, Y. / Wang, P. / Li, Z. / Liang, Y. / Vogel, H. / Wang, Y.T. / ...著者: Ma, T. / Wang, L. / Chai, A. / Liu, C. / Cui, W. / Yuan, S. / Wing Ngor Au, S. / Sun, L. / Zhang, X. / Zhang, Z. / Lu, J. / Gao, Y. / Wang, P. / Li, Z. / Liang, Y. / Vogel, H. / Wang, Y.T. / Wang, D. / Yan, K. / Zhang, H.
履歴
登録2022年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride channel protein 2
B: Chloride channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,2852
ポリマ－197,2852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4400 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area39520 Å2

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要素

#1: タンパク質 Chloride channel protein 2 / ClC-2


分子量: 98642.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLCN2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51788
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Full length human CLC-2 homo dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 180 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43510 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027462
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54310164
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9411004
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391200
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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