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- PDB-7xi5: Anti-CRISPR-associated Aca10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xi5
タイトルAnti-CRISPR-associated Aca10
要素Transcriptional regulator
キーワードIMMUNE SYSTEM / Aca10 / DNA BINDING PROTEIN / AUTOREGULATOR
機能・相同性lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas citronellolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Lee, S.Y. / Park, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of anti-CRISPR operon repression by Aca10.
著者: Lee, S.Y. / Birkholz, N. / Fineran, P.C. / Park, H.H.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4324
ポリマ－28,4324
非ポリマー00
水3,999222
1
A: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1081
ポリマ－7,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1081
ポリマ－7,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1081
ポリマ－7,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1081
ポリマ－7,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.920, 109.920, 60.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 44 or (resid 45...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 33 or (resid 34...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 33 or (resid 34...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 3 through 44 or (resid 45...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERGLNA1 - 57
d_21ens_1SERGLNB1 - 57
d_31ens_1SERGLNC1 - 57
d_41ens_1SERGLND1 - 57

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999352439448, 0.0241038031916, -0.0267153222016), (0.0283698699056, 0.0711354888507, -0.997063133762), (-0.0221326060412, -0.997175385225, -0.0717732460751)41.8936841059, 73.0958131158, 79.4861207205
2given(-0.0662848012867, 0.997604770268, 0.0197749198859), (0.0825691150815, 0.0252345965419, -0.996265806084), (-0.994378532729, -0.0644044833493, -0.0840440132994)-12.2603408387, 60.8038334662, 26.6991452827
3given(-0.0972320129112, -0.994187442777, -0.0462305557922), (-0.0385529305526, 0.0501781477312, -0.997995904318), (0.994514759675, -0.0952548272471, -0.0432077617457)99.403648322, 89.0606595373, 30.4535914326

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator / anti-CRISPR-associated Aca10


分子量: 7108.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas citronellolis (バクテリア)
遺伝子: CW310_07415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Z0IPS5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (v/v) 2-propanol, 0.1M Imidazole pH7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→29.27 Å / Num. obs: 37421 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 36.24 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.08
反射 シェル解像度: 1.76→1.823 Å / Num. unique obs: 3674 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5j9i

5j9i


解像度: 1.76→29.27 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 1872 5 %
Rwork0.2078 35548 -
obs0.2088 37420 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 0 222 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95752463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5836237
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.303391983126
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.400138868011
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.506586795751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.810.35711410.34972679X-RAY DIFFRACTION99.89
1.81-1.860.37341420.32362693X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.920.32881420.28342689X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.990.28661410.26942690X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.070.2761430.25762709X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.160.2831430.24782709X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.280.31511420.23482698X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.420.25391430.22952719X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.610.27631430.24022725X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.870.21721440.21882740X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.280.23491460.21742763X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-4.130.19791460.1822790X-RAY DIFFRACTION100
4.14-29.270.17731560.16962944X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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