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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xi4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the NPAS4-ARNT heterodimer in complex with DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation ...Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to toxic substance / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / response to hypoxia / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.707 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, X.N. / Jing, L.Q. / Li, F.W. / Wu, D.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structures of NPAS4-ARNT and NPAS4-ARNT2 heterodimers reveal new dimerization modalities in the bHLH-PAS transcription factor family. 著者: Sun, X. / Jing, L. / Li, F. / Zhang, M. / Diao, X. / Zhuang, J. / Rastinejad, F. / Wu, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xi4.cif.gz | 151.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xi4.ent.gz | 112.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xi4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xi4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xhvC 7xi3C 4zpkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43306.199 Da / 分子数: 1 / 断片: ARNT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / プラスミド: pMKH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53762 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39381.828 Da / 分子数: 1 / 断片: NPAS4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Npas4 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1L327 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 5034.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4763.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 % / Mosaicity: 0.499 ° |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: ammonium tartrate dibasic, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.7→50 Å / Num. obs: 6762 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.3 % / Biso Wilson estimate: 57.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.261 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.267 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 2.4 / Num. measured all: 157818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZPK 解像度: 4.707→29.63 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 270.74 Å2 / Biso mean: 109.9629 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.707→29.63 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.707→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0
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