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- PDB-7xhv: Crystal Structure of the NPAS4-ARNT heterodimer in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhv
タイトルCrystal Structure of the NPAS4-ARNT heterodimer in complex with DNA
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
  • Neuronal PAS domain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / cellular response to corticosterone stimulus / positive regulation of hormone biosynthetic process / positive regulation of protein sumoylation ...Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / cellular response to corticosterone stimulus / positive regulation of hormone biosynthetic process / positive regulation of protein sumoylation / short-term memory / inhibitory postsynaptic potential / inhibitory synapse assembly / regulation of synaptic transmission, GABAergic / social behavior / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / long-term memory / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of glycolytic process / learning / excitatory postsynaptic potential / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to toxic substance / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / postsynapse / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Neuronal PAS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.996 Å
データ登録者Sun, X.N. / Jing, L.Q. / Li, F.W. / Wu, D.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentZR2021JQ30 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structures of NPAS4-ARNT and NPAS4-ARNT2 heterodimers reveal new dimerization modalities in the bHLH-PAS transcription factor family.
著者: Sun, X. / Jing, L. / Li, F. / Zhang, M. / Diao, X. / Zhuang, J. / Rastinejad, F. / Wu, D.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Neuronal PAS domain-containing protein 4
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0834
ポリマ－64,0834
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.846, 72.846, 272.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1- ...ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 30942.221 Da / 分子数: 1 / 断片: ARNT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / プラスミド: pMKH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53762
#2: タンパク質 Neuronal PAS domain-containing protein 4 / Neuronal PAS4 / HLH-PAS transcription factor NXF / Limbic-enhanced PAS protein / LE-PAS


分子量: 23343.830 Da / 分子数: 1 / 断片: NPAS4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Npas4 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8BGD7
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')


分子量: 5034.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*T)-3')


分子量: 4763.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 % / Mosaicity: 0.924 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: ammonium tartrate dibasic, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97846 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97846 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.996→50 Å / Num. obs: 6850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4-4.0715.90.8133380.9260.2060.840.994100
4.07-4.14170.6493100.9340.1580.6691.038100
4.14-4.2216.20.4983280.9650.1250.5141.002100
4.22-4.3116.60.3793470.9820.0920.391.039100
4.31-4.4180.3853110.9690.0920.3961.011100
4.4-4.517.40.3413380.9770.0830.3511.042100
4.5-4.6217.20.2823400.9940.0680.291.016100
4.62-4.7417.30.263230.9870.0630.2681.028100
4.74-4.8816.70.2573390.990.0630.2651.049100
4.88-5.0417.40.2013230.9890.0480.2071.025100
5.04-5.2215.40.1973510.990.050.2041.007100
5.22-5.4316.20.1823330.9920.0460.1880.987100
5.43-5.6715.60.163370.9930.0410.1650.963100
5.67-5.9717.70.1493390.9960.0350.1530.983100
5.97-6.3516.90.1463440.9940.0360.1510.982100
6.35-6.8416.30.1323460.9930.0330.1360.923100
6.84-7.5215.80.0933510.9980.0230.0960.92100
7.52-8.614.40.0693670.9980.0180.0710.904100
8.6-10.8215.90.0583670.9980.0150.060.83499.7
10.82-5012.30.0664180.9980.0190.0691.13199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZPK

4zpk


解像度: 3.996→31.074 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 305 4.51 %
Rwork0.2725 6458 -
obs0.2751 6763 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.61 Å2 / Biso mean: 57.8606 Å2 / Biso min: 29.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.996→31.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2884 656 0 0 3540
残基数----401
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.9964-5.03150.31991430.27613127
5.0315-31.0740.34291620.26823331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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