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- PDB-7xhy: Crystal structure of MerTK Kinase domain with BMS794833 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhy
タイトルCrystal structure of MerTK Kinase domain with BMS794833
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTRANSFERASE / ATP Competitive Inhibitor MerTK-BMS794833 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / establishment of localization in cell / Cell surface interactions at the vascular wall / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / nervous system development / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E0X / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Kim, J.H. / Lee, B.I.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1A2C1002545 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2018R1A5A2023127 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2210340 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)1910031 韓国
引用ジャーナル: Exp.Mol.Med. / 年: 2022
タイトル: BMS794833 inhibits macrophage efferocytosis by directly binding to MERTK and inhibiting its activity.
著者: Bae, S.H. / Kim, J.H. / Park, T.H. / Lee, K. / Lee, B.I. / Jang, H.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0717
ポリマ－34,3821
非ポリマー6896
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: small molecule, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.127, 92.533, 71.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1038-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 34381.754 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain / 変異: K591R, K693R, K702R, K856R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pETduet
詳細 (発現宿主): MerTK subcloned at MCS1, PTPN1(1-330) subcloned at MCS2
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-E0X / ~{N}-[4-(2-azanyl-3-chloranyl-pyridin-4-yl)oxy-3-fluoranyl-phenyl]-5-(4-fluorophenyl)-4-oxidanylidene-1~{H}-pyridine-3-carboxamide


分子量: 468.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H15ClF2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein concentration 25 mg/mL Protein storage buffer: Tris-HCl pH 8.0, 500 mM NaCl, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine Hydrochloride (TCEP) Mother Liquor: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 4.3 M NaCl ...詳細: Protein concentration 25 mg/mL Protein storage buffer: Tris-HCl pH 8.0, 500 mM NaCl, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine Hydrochloride (TCEP) Mother Liquor: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 4.3 M NaCl Protein: Reservoir: Apo-Microseed = 300: 300: 100 nL or 400: 400: 100 nL Co-crystalization 2mM compound preincubation: 2Hours in ICE Cryoprotectant solution: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.5 M NaCl, 20% DMSO, 10 mM compounds
PH範囲: 8.0 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月30日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 16509 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.081 / Χ2: 0.594 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 657 / CC1/2: 0.931 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.218 / Rrim(I) all: 0.528 / Rsym value: 0.478 / Χ2: 0.425 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7aax

7aax


解像度: 2.16→38.71 Å / SU ML: 0.2725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.2847
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 1648 10 %
Rwork0.208 14829 -
obs0.2125 16477 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→38.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 41 40 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04473038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7364297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.220.32761230.24941092X-RAY DIFFRACTION89.14
2.23-2.30.31391370.25131222X-RAY DIFFRACTION98.76
2.3-2.380.33371360.25361235X-RAY DIFFRACTION99.78
2.38-2.470.31291370.25631216X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.590.31691400.23451247X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.720.29571380.23141241X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.30191340.24331238X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.120.27561370.23141261X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.430.25391420.21981243X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.930.23781350.19181260X-RAY DIFFRACTION99.71
3.93-4.940.19681390.17071246X-RAY DIFFRACTION98.3
4.95-38.710.22641500.19061328X-RAY DIFFRACTION98.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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