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- PDB-7xhn: Structure of human inner kinetochore CCAN-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhn
タイトルStructure of human inner kinetochore CCAN-DNA complex
要素
  • (Centromere protein ...) x 15
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • CENP-W
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


FANCM-MHF complex / Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / : / kinetochore organization / Fanconi anaemia nuclear complex / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / CENP-A containing chromatin assembly ...FANCM-MHF complex / Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / : / kinetochore organization / Fanconi anaemia nuclear complex / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / CENP-A containing chromatin assembly / sex differentiation / centromeric DNA binding / resolution of meiotic recombination intermediates / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / inner kinetochore / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / chromosome organization / interstrand cross-link repair / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / NRIF signals cell death from the nucleus / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of epithelial cell proliferation / mitotic spindle organization / chromosome segregation / Fanconi Anemia Pathway / RHO GTPases Activate Formins / PKR-mediated signaling / kinetochore / centriolar satellite / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / actin cytoskeleton / chromosome / midbody / cell adhesion / nuclear body / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / signal transduction / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Centromere protein W / : / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Centromere protein L / Centromere protein R / Centromere protein Q ...Centromere protein W / : / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Centromere protein L / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein P / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / Centromere protein U / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Centromere protein O / : / Cenp-O kinetochore centromere component / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Histone, subunit A / Histone, subunit A / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Centromere protein X / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L ...DNA / DNA (> 10) / Centromere protein X / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein S / Centromere protein I / Centromere protein T / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Sun, L.F. / Tian, T. / Wang, C.L. / Yang, Z.S. / Zang, J.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structural insights into human CCAN complex assembled onto DNA.
著者: Tian Tian / Lili Chen / Zhen Dou / Zhisen Yang / Xinjiao Gao / Xiao Yuan / Chengliang Wang / Ran Liu / Zuojun Shen / Ping Gui / Maikun Teng / Xianlei Meng / Donald L Hill / Lin Li / Xuan ...著者: Tian Tian / Lili Chen / Zhen Dou / Zhisen Yang / Xinjiao Gao / Xiao Yuan / Chengliang Wang / Ran Liu / Zuojun Shen / Ping Gui / Maikun Teng / Xianlei Meng / Donald L Hill / Lin Li / Xuan Zhang / Xing Liu / Linfeng Sun / Jianye Zang / Xuebiao Yao /
要旨: In mitosis, accurate chromosome segregation depends on kinetochores that connect centromeric chromatin to spindle microtubules. The centromeres of budding yeast, which are relatively simple, are ...In mitosis, accurate chromosome segregation depends on kinetochores that connect centromeric chromatin to spindle microtubules. The centromeres of budding yeast, which are relatively simple, are connected to individual microtubules via a kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN). However, the complex centromeres of human chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules. Here, by use of cryo-electron microscopy and functional analyses, we reveal the molecular basis of how human CCAN interacts with duplex DNA and facilitates accurate chromosome segregation. The overall structure relates to the cooperative interactions and interdependency of the constituent sub-complexes of the CCAN. The duplex DNA is topologically entrapped by human CCAN. Further, CENP-N does not bind to the RG-loop of CENP-A but to DNA in the CCAN complex. The DNA binding activity is essential for CENP-LN localization to centromere and chromosome segregation during mitosis. Thus, these analyses provide new insights into mechanisms of action underlying kinetochore assembly and function in mitosis.
履歴
登録2022年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
o: Centromere protein O
H: Centromere protein H
I: Centromere protein I
K: Centromere protein K
L: Centromere protein L
M: Centromere protein M
N: Centromere protein N
O: Centromere protein O
P: Centromere protein P
S: Centromere protein S
T: Centromere protein T
W: CENP-W
X: Centromere protein X
G: DNA (25-MER)
J: DNA (25-MER)
C: Centromere protein C
c: Centromere protein C
Q: Centromere protein Q
U: Centromere protein U
R: Centromere protein R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)772,18120
ポリマ－772,18120
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Centromere protein ... , 15種, 17分子 oOHIKLMNPSTXCcQUR

#1: タンパク質 Centromere protein O / CENP-O / Interphase centromere complex protein 36


分子量: 33830.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPO / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9BU64
#2: タンパク質 Centromere protein H / CENP-H / Interphase centromere complex protein 35


分子量: 29349.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9H3R5
#3: タンパク質 Centromere protein I / CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / ...CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / Interphase centromere complex protein 19 / Leucine-rich primary response protein 1


分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPI / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q92674
#4: タンパク質 Centromere protein K / CENP-K / Interphase centromere complex protein 37 / Protein AF-5alpha / p33


分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9BS16
#5: タンパク質 Centromere protein L / CENP-L / Interphase centromere complex protein 33


分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N0S6
#6: タンパク質 Centromere protein M / CENP-M / Interphase centromere complex protein 39 / Proliferation-associated nuclear element protein 1


分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NSP4
#7: タンパク質 Centromere protein N / CENP-N / Interphase centromere complex protein 32


分子量: 40438.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPN / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96H22
#8: タンパク質 Centromere protein P / CENP-P


分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6IPU0
#9: タンパク質 Centromere protein S / CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-associated histone fold ...CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-associated histone fold protein 1 / FANCM-interacting histone fold protein 1 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 16 kDa


分子量: 15917.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPS / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N2Z9
#10: タンパク質 Centromere protein T / CENP-T / Interphase centromere complex protein 22


分子量: 60502.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPT / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96BT3
#12: タンパク質 Centromere protein X / CENP-X / FANCM-associated histone fold protein 2 / FANCM-interacting histone fold protein 2 / ...CENP-X / FANCM-associated histone fold protein 2 / FANCM-interacting histone fold protein 2 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 10 kDa / Retinoic acid-inducible gene D9 protein homolog / Stimulated by retinoic acid gene 13 protein homolog


分子量: 8972.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPX / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A8MT69
#15: タンパク質 Centromere protein C / CENP-C / Centromere autoantigen C / Centromere protein C 1 / CENP-C 1 / Interphase centromere ...CENP-C / Centromere autoantigen C / Centromere protein C 1 / CENP-C 1 / Interphase centromere complex protein 7


分子量: 107022.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03188
#16: タンパク質 Centromere protein Q / CENP-Q


分子量: 31477.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPQ / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q7L2Z9
#17: タンパク質 Centromere protein U / CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV ...CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV latent nuclear antigen-interacting protein 1 / MLF1-interacting protein / Polo-box-interacting protein 1


分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPU / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q71F23
#18: タンパク質 Centromere protein R / CENP-R / Beta-3-endonexin / Integrin beta-3-binding protein / Nuclear receptor-interacting factor 3


分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q13352

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タンパク質 , 1種, 1分子 W

#11: タンパク質 CENP-W


分子量: 10087.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5EE01

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DNA鎖 , 2種, 2分子 GJ

#13: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7685.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#14: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7676.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCAN-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79777 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01123862
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.19332474
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.6483540
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0573802
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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